Question

我有以下for循环

for( i in 1:No_Simulations) {
      Vec =   rowSums(  sweep(Matrix1,MARGIN=2,Matrix2[i,],`*`)  )
      if( i == 1 ) {  Result <- Vec } else {   Result = cbind(  Result , Vec )  } }

其中No_Simulations = 10000，Matrix2的dim为10000 100，Matrix1的dim也为10000 100。

我无法运行这部分代码，因为R编译器给了我以下错误：“不可能的所有un vecteur de taille 366.6 Mo”

即。无法分配大小为366.6 MB的向量。我也尝试使用memory.limit（）来增加内存大小，但它仍然无法正常工作。有人可以帮助我。

Answer 1

我不认为这应该是一个答案，但我似乎无法评论你的问题（我的代表太低了吗？）：

我确定您已经检查了内存管理的所有明显问题：

确保您有足够的内存来分配
确保您的流程总数低于PROCESS可寻址限制（现在只有32位的问题）
确保有足够的内存可以分配您请求的大小的连续块。记忆碎片。

通过玩这些数字，您是否能够确定不再能够分配内存的限制？每次开始/杀死其他进程（即使用不同的内存量）时，它是每次都一样吗？

编辑：见R memory management / cannot allocate vector of size n Mb

Answer 2

不幸的是，32位操作系统对它们使用的RAM量有固有的限制，而R不会使用put对象到你的硬盘驱动器上并在那里工作。如果填充RAM（通常在函数＆＃39; memory.size（）＆＃39;返回1.8Gb时），R会返回一条消息，指出它不能再分配更多的内存。

bigmemory套餐是你最好的选择。这个包允许你在R中使用非常大的对象（速度命中）。有大量与您相关的示例 the bigmemory manual

最重要的是，有一些vanilla-R函数可以帮助R中的内存管理：

memory.size（）：返回有关R中当前（或最大）内存使用情况的信息
rm（）：从工作区中删除R对象
gc（）：调用垃圾收集器，重新分配浪费的内存。根据给定的可选参数，该函数还返回有关内存使用情况的有用信息。

我不想光顾你的数据样本而光顾你，但这种方法对某些（并非所有）问题都很有用。

希望有所帮助！

edit：一个非常有用的函数来查找R中对象的内存大小： Tricks to manage the available memory in an R session。

Answer 3

您正在使用可能包含大量其他程序和进程的设备中执行此操作。关闭所有程序和R.重新启动计算机并仅运行R，然后再次运行代码。没有抱怨，它可能会成功。

R错误：无法分配大小为366.6 MB的向量

3 个答案: