Question

我正在尝试使用Python 2.7在mac osx上使用ghmm python模块。我已经设法安装了所有东西，我可以在python环境中导入ghmm，但是当我运行它时会出现错误（来自ghmm'教程'）（UnfairCasino可以在http://ghmm.sourceforge.net/UnfairCasino.py找到）：

from ghmm import *
from UnfairCasino import test_seq
sigma = IntegerRange(1,7)
A = [[0.9, 0.1], [0.3, 0.7]]
efair = [1.0 / 6] * 6
eloaded = [3.0 / 13, 3.0 / 13, 2.0 / 13, 2.0 / 13, 2.0 / 13, 1.0 / 13]
B = [efair, eloaded]
pi = [0.5] * 2
m = HMMFromMatrices(sigma, DiscreteDistribution(sigma), A, B, pi)
v = m.viterbi(test_seq)

具体来说，我得到了这个错误：

GHMM ghmm.py:148 - sequence.c：ghmm_dseq_free（1199）：在NULL指针上尝试m_free。糟糕的节目，不好！没有饼干给你。 python（52313,0x7fff70940cc0）malloc： *对象0x74706d6574744120错误：未释放指针被释放 * 在malloc_error_break中设置断点以进行调试中止陷阱

当我将ghmm.py记录器设置为“DEBUG”时，日志会在之前打印出以下内容：

GHMM ghmm.py:2333 - HMM.viterbi（） - 开始

GHMM ghmm.py:849 - EmissionSequence.asSequenceSet（） - 开始＆gt;

GHMM ghmm.py:862 - EmissionSequence.asSequenceSet（） - 结束＆gt;

追踪（最近一次呼叫最后一次）：

文件“/Library/Frameworks/EPD64.framework/Versions/7.1/lib/python2.7/logging/init.py”，第842行，发光

msg = self.format（记录）

文件“/Library/Frameworks/EPD64.framework/Versions/7.1/lib/python2.7/logging/init.py”，第719行，格式为

返回fmt.format（记录）

文件“/Library/Frameworks/EPD64.framework/Versions/7.1/lib/python2.7/logging/init.py”，第464行，格式为

record.message = record.getMessage（）

文件“/Library/Frameworks/EPD64.framework/Versions/7.1/lib/python2.7/logging/init.py”，第328行，在getMessage中

msg = msg％self.args

TypeError：并非在字符串格式化期间转换所有参数

从文件ghmm.py，第1159行记录

追踪（最近一次呼叫最后一次）：

文件“/Library/Frameworks/EPD64.framework/Versions/7.1/lib/python2.7/logging/init.py”，第842行，发光

msg = self.format（记录）

文件“/Library/Frameworks/EPD64.framework/Versions/7.1/lib/python2.7/logging/init.py”，第719行，格式为

返回fmt.format（记录）

文件“/Library/Frameworks/EPD64.framework/Versions/7.1/lib/python2.7/logging/init.py”，第464行，格式为

record.message = record.getMessage（）

文件“/Library/Frameworks/EPD64.framework/Versions/7.1/lib/python2.7/logging/init.py”，第328行，在getMessage中

msg = msg％self.args

TypeError：并非在字符串格式化期间转换所有参数

从文件ghmm.py，第949行记录

GHMM ghmm.py:2354 - HMM.viterbi（） - 结束

GHMM ghmm.py:1167 - del SequenceSubSet＆gt;

所以我怀疑它与Viterbi函数完成后删除Sequences的方式有关，但我不确定这是否意味着我需要修改Python代码，C代码，或者如果我需要以不同的方式编译ghmm和包装器。任何帮助/建议都会受到重视，因为我一直试图让这个图书馆在过去的4天里工作。

Answer 1

考虑到这个问题的年龄，你可能已经开始了其他事情，但这似乎是我发现的唯一相关结果。问题是由于python函数'EmissionSequence :: asSequenceSet'的执行方式有些奇怪，因此发生了双重自由。如果你看看如何实现ghmm.py（〜第845 - 863行）

def asSequenceSet(self):
    """
    @returns this EmissionSequence as a one element SequenceSet
    """
    log.debug("EmissionSequence.asSequenceSet() -- begin " + repr(self.cseq))
    seq = self.sequenceAllocationFunction(1)

    # checking for state labels in the source C sequence struct
    if self.emissionDomain.CDataType == "int" and self.cseq.state_labels is not None:
        log.debug("EmissionSequence.asSequenceSet() -- found labels !")
        seq.calloc_state_labels()
        self.cseq.copyStateLabel(0, seq, 0)

    seq.setLength(0, self.cseq.getLength(0))
    seq.setSequence(0, self.cseq.getSequence(0))
    seq.setWeight(0, self.cseq.getWeight(0))

    log.debug("EmissionSequence.asSequenceSet() -- end " + repr(seq))
    return SequenceSetSubset(self.emissionDomain, seq, self)

这可能会引起一些危险信号，因为它似乎有点进入C（不是我肯定知道的，我没有深入研究它）。

无论如何，如果你看一下这个函数的上方，还有另一个叫做'sequenceSet'的函数：

def sequenceSet(self):
    """
    @return a one-element SequenceSet with this sequence.
    """

    # in order to copy the sequence in 'self', we first create an empty SequenceSet and then
    # add 'self'
    seqSet = SequenceSet(self.emissionDomain, [])
    seqSet.cseq.add(self.cseq)
    return seqSet

它似乎有相同的目的，但实现方式不同。无论如何，如果你用ghmm.py替换'EmissionSequence :: asSequenceSet'的主体，只需：

def asSequenceSet(self):
"""
@returns this EmissionSequence as a one element SequenceSet
"""
    return self.sequenceSet();

然后重建/重新安装ghmm模块，代码将无故障地运行，您应该能够以愉快的方式继续运行。我不确定这是否可以作为修复程序提交，因为ghmm项目看起来有点死，但希望这很简单，可以帮助任何使用此库的直线任务。

GHMM - 在NULL指针上尝试m_free

1 个答案: