Question

我有一个大的制表符分隔的csv文件，格式如下：

#mirbase_acc    mirna_name  gene_id gene_symbol transcript_id   ext_transcript_id   mirna_alignment gene_alignment  mirna_start mirna_end   gene_start  gene_end    genome_coordinates  conservation    align_score seed_cat    energy  mirsvr_score

我希望能够做的是遍历行并根据“gene_id”字段中的数据（字符串）选择项目，然后将这些行复制到新文件中。

我是一个蟒蛇诺布，并认为这是一个让我的脚湿润的好方法，但它比看起来更难！我一直在尝试使用csv包来操作文件，使用dictreader和dictwriter读取和编写基本的东西。如果有人可以帮我提出迭代搜索方面的模板，我会非常感激。到目前为止，我有：

import csv

f = open("C:\Documents and Settings\Administrator\Desktop\miRNA Scripting\mirna_predictions_short.txt", "r")
reader = csv.DictReader(f, delimiter='\t')
writer = open("output.txt",'wb')
writer = csv.writer(writer, delimiter='\t')

然后是迭代位，bleurgh：

for row in reader:
    if reader.gene_id == str(CG11710):
        writer.writerow

这显然不起作用。关于更好的结构方法的任何想法??

Answer 1

你快到了！代码几乎是正确的：）

访问dicts是这样的：

some_dict['some_key']

而不是：

some_object.some_attribute

使用str(...)创建字符串，但使用CG11710

等引号

在你的情况下：

for row in reader:
    if row['gene_id'] == 'CG11710':
        writer.writerow(row)

Answer 2

python中的字典像字典['key']一样被处理。所以对你而言，它是读者['gene_id']。字符串也用引号“text”声明，而不是str（text）。 str（text）会尝试将存储在变量文本中的内容转换为字符串，这不是我想要的。 writer.writerow也是一个函数，函数接受参数，因此你需要编写writer.writerow（row）。

迭代地将特定行从CSV文件复制到新文件

2 个答案: