Question

我正在开发一个涉及RHEL 6.3（x86_64）系统上的网络消息队列（msgpack，zmq，...）的项目。我正在安装最新的glib，gevent，pygobject，pygtk等软件包，以便让pylab / matplotlib工作（这也没有成功）。

放弃后我回到了我的代码，不知何故我设法破坏了我的hdf5 / h5py安装 - h5py在导入时无法找到libhdf5.so.7。我立即在RHEL 6.3（x86_64）上的/ usr / local / hdf5中重新安装了hdf5-1.8.9，如下所示：

./configure --prefix=/usr/local/hdf5
make
make check
sudo make install
make check install

似乎工作得很好。然后我去重新安装h5py（在python 2.7.3中）：

python2.7 setup.py build --hdf5=/usr/local/hdf5/
python2.7 setup.py test   # optional
# sudo python2.7 setup.py install

无法在测试中导入_errors文件，如下所示：

======================================================================
ERROR: _hl.tests.test_attrs_data (unittest.loader.ModuleImportFailure)
----------------------------------------------------------------------
ImportError: Failed to import test module: _hl.tests.test_attrs_data
Traceback (most recent call last):
  File "/usr/local/lib/python2.7/unittest/loader.py", line 252, in _find_tests
    module = self._get_module_from_name(name)
  File "/usr/local/lib/python2.7/unittest/loader.py", line 230, in _get_module_from_name
    __import__(name)
  File "/home/cronburg/Downloads/h5py-2.0.1/build/lib.linux-x86_64-2.7/h5py/_hl/tests/test_attrs_data.py", line 5, in <module>
    import h5py
  File "/home/cronburg/Downloads/h5py-2.0.1/build/lib.linux-x86_64-2.7/h5py/__init__.py", line 1, in <module>
    from h5py import _errors
ImportError: libhdf5.so.7: cannot open shared object file: No such file or directory


----------------------------------------------------------------------
Ran 12 tests in 0.001s

FAILED (errors=12)

在我安装上述软件包/ tarball之前，h5py工作正常，我不记得触摸任何远程看起来像hdf5的东西。有什么想法吗？

编辑：试图找到该文件只显示在我解开它的位置：

cronburg@rhel:~/Downloads/h5py-2.0.1$ locate libhdf5.so.7
/home/cronburg/tmp/hdf5-1.8.9/hdf5/lib/libhdf5.so.7
/home/cronburg/tmp/hdf5-1.8.9/hdf5/lib/libhdf5.so.7.0.3
/home/cronburg/tmp/hdf5-1.8.9/src/.libs/libhdf5.so.7
/home/cronburg/tmp/hdf5-1.8.9/src/.libs/libhdf5.so.7.0.3

Answer 1

看看： http://rpm.pbone.net/index.php3/stat/3/srodzaj/1/search/libhdf5.so.7()(64bit)

或者应该尝试这个回购：https://ius.io/Packages/

我更喜欢使用最新的python版本，采用包格式。

https://dl.iuscommunity.org/pub/ius/stable/Redhat/6/x86_64/repoview/python27.html

sudo yum install -y https://centos6.iuscommunity.org/ius-release.rpm
sudo yum install -y python27
sudo yum install -y python27-devel

做一个pip install并开心：

$ sudo pip install h5py
Installing collected packages: h5py
Successfully installed h5py-2.6.0

Answer 2

当在干净的raspbian上使用h5py时，这也发生在我身上。您需要先安装系统库。

apt install libhdf5-dev

然后

pip install h5py

hdf5 / h5py ImportError：libhdf5.so.7

2 个答案: