Question

请告诉我为什么这个程序不起作用？帮助我提高它。

for i in $(seq 2 30); do awk '{if ($i < 0.05) print $1,$i}' test.txt > phen_$i.txt; done

文件test.txt如下所示：

name    phen1   phen2
rs549   0.02    0.02
rs699   0.03    0.03
rs701   1   1
rs751   0.449   0.449
rs884   1   1
rs923   0.9775  0.02
rs970   0.9836  0.03
rs1085  0.0001  0.99
rs1220  0.9316  0.9316

输出文件应该是两个不同的文件，即包含col1和col2的phen_2.txt和phen_3.txt，以及根据if条件分别为col1和col3。

phen_2.txt的预期结果：

rs549 0.02
rs699 0.03
rs1085 0.0001

phen_3.txt的预期结果：

rs549 0.02
rs699 0.03
rs923 0.02
rs970 0.03

请帮忙！

Answer 1

for ((i = 2; i <= 30; i++)); do awk -v i="$i" '$i < 0.05 {print $1, $i}' test.txt > "phen_$i.txt"; done

使用变量传递（-v）将shell变量放入AWK脚本。

您不需要seq。

修改：

我修复了一些过分热闹和错误的错误。

以下是你如何在AWK中完全做同样的事情：

awk '{for (i = 2; i <= 30; i++) {if ($i < 0.05) {print $1, $i > "phen_" i ".txt"}}}' test.txt

这只会通过输入文件一次，但它会循环显示每行输入的输出文件集。 shell版本重复读取输入文件，但只写入一次输出文件。

Answer 2

使用$'$i'代替$：

for i in $(seq 2 30)
do
  awk '{if ($'$i' < 0.05) print $1,$'$i'}' test.txt > phen_$i.txt
done

问题是来自bash的$i无法进入' ' - 字符串。因此，您需要在$i之前关闭字符串，然后再将其打开。

为什么这个awk脚本没有看到shell变量？

2 个答案: