如何获得FASTA完全匹配的正确计数？

Question

我必须搜索模式wTTTAYRTTTW，其中W = A或T，Y = C或{{1} } {，T = R或A，位于FASTA file基因组序列中。应该允许一些不匹配，即完全匹配字符串及其位置。我的方法是：

R

对于完全匹配的FASTA文件中给定序列NC_004314.2，此代码找到的结果是错误的，总匹配计数应为829.任何人都可以更正此代码吗？

Answer 1

我对基因组搜索一无所知，也无法快速了解您的程序，但作为建议：

你真的应该扫描一下：

• http://www.bioperl.org，尤其是
• http://www.bioperl.org/wiki/HOWTO:Getting_Genomic_Sequences

也许有帮助，你可以得到一些如何做事的想法。

Perl是生物信息学的 语言。