从嵌套列表创建.graphml树图

Question

我正在拼命寻找创建一个漂亮的二叉树图的解决方案。至关重要的是，不完整的节点具有可区分的边缘（如果有的话）。

我无法使用.dot生成所需的结果，因为我知道无法订购节点。我不介意，将文件导入yEd或其他编辑器。但是，我希望能够用很少的语法轻松生成数据。

我的目标是生成例如来自简约数据的.graphml格式，例如（A（B1 C1 C2）B2），其中A是根标签，B1是根的左子，另有两个子。与.dot或.tgf类似的复杂性当然是可以容忍的，但我想避免自己编写编译器来生成.graphml。

任何想法都赞赏。

Markus R。

Answer 1

您提供的数据或多或少为s-expression。鉴于这是您要摄取的格式，pyparsing（Python模块）具有s-expression parser。

您还需要一个图库。我的大部分工作都使用networkx。使用pyparsing s-expression解析器和networkx，以下代码摄取数据并创建树作为有向图：

import networkx as nx

def build(g, X):
    if isinstance(X, list):
        parent = X[0]
        g.add_node(parent)
        for branch in X[1:]:
            child = build(g, branch)
            g.add_edge(parent, child)

        return parent

    if isinstance(X, basestring):
        g.add_node(X)
        return X

#-- The sexp parser is constructed by the code example at...
#-- http://http://pyparsing.wikispaces.com/file/view/sexpParser.py
sexpr = sexp.parseString("(A (B1 C1 C2) B2)", parseAll = True)

#-- Get the parsing results as a list of component lists.
nested = sexpr.asList( )

#-- Construct an empty digraph.
dig = nx.DiGraph( )

#-- build the tree
for component in nested:
    build(dig, component)

#-- Write out the tree as a graphml file.
nx.write_graphml(dig, 'tree.graphml', prettyprint = True)

为了测试这一点，我还将树编写为.dot文件，并使用graphviz创建以下图像：

networkx是一个很好的图形库，如果需要，您可以编写其他代码来遍历树，以使用其他元数据标记边或节点。