Question

我在安装软件包时经常遇到问题，通常看起来像这样：

> install.packages("Biobase")
Installing package(s) into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
Warning in install.packages("Biobase") :
  'lib = "/usr/local/lib/R/site-library"' is not writable
Would you like to create a personal library
~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.15
to install packages into?  (y/n) y
--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---
Loading Tcl/Tk interface ... done
Warning message:
package ‘Biobase’ is not available (for R version 2.15.0)

我的Sys.info()如下：

> Sys.info()
                                     sysname 
                                     "Linux" 
                                     release 
                          "2.6.32-40-server" 
                                     version 
"#87-Ubuntu SMP Tue Mar 6 02:10:02 UTC 2012" 
                                    nodename 
                                    "******" 
                                     machine 
                                    "x86_64" 
                                       login 
                                        "**" 
                                        user 
                                        "**" 
                              effective_user 
                                        "**"

错误package ‘Biobase’ is not available (for R version 2.15.0)是否由于我必须将其安装在个人库中（显然在我工作的服务器上，通常的库不可写）？我怎样才能解决这个问题，因为在我尝试安装软件包的时候，我似乎得到了“2.15”不可用的错误。

Answer 1

Biobase包可在Bioconductor上使用，而不是通过CRAN。这是你安装它的方式：

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("Biobase")

有关详细信息，请参阅Bioconductor。

Answer 2

我正在为其他任何可能偶然发现此旧帖子的人添加以下解决方案。

问题的根本原因是R安装库的目录的所有权/权限。引用相关帖子：

“目录由root拥有：staff和2775模式，或'用户和组读写，其他只读'。” （Dirk Eddelbuettel）

有关详细信息以及如何解决此问题，请参阅此thread。

更新到2.15后在服务器上安装包的问题

2 个答案: