在升级到R-2.14之前，我想借此机会合理化已安装软件包的文件夹结构。
目前我使用R默认值，即所有新安装的软件包都转到R_LIBS_USER。但是，我真的区分了两类包：
plyr，data.table等由于install.packages提供了一个指定lib参数的选项，显然这是可能的。
是否有一种简单的方法来管理包裹位置，例如通过在.RProfile或RProfile.Site？
答案 0 :(得分：25)
有很多选择。我做的第一件事是调整我的Rprofile.site以包含以下行，使我的默认库路径成为我的R安装中未包含的目录。
.libPaths(c("D:/R/Library",.libPaths()))
这使D:/R/Library成为我的默认路径，而不会丢失其他路径。您可以添加两个路径，例如D:/R/Library/Work和D:/R/Library/Test。如果您未在install.packages()中指定lib，则放在第一个位置的是默认值。
然后，您可以在.Rprofile.site中分配两个变量。这些在基本命名空间中分配，因此始终可以访问，而不是由ls（）删除。像
这样的东西 .libwork <- 'D:/R/Library/Work'
.libtest <- 'D:/R/Library/Test'
允许您安装以下软件包：
install.packages('aPackage',lib=.libwork)
我猜也有其他选择，但这就是我要滚动的方式。
答案 1 :(得分：21)
Hadley的优秀包devtools提供了一个功能dev_mode
http://www.inside-r.org/packages/cran/devtools/docs/dev_mode
您可以在此处找到一个示例用法：https://gist.github.com/1150934
基本上，
dev_mode(TRUE, path = "anywhere-you-want-to-install")
install.packages("anything-that-you-want-to-install")
是一种强有力的方式。
答案 2 :(得分：4)
您应该能够通过环境变量R_LIBS中以冒号分隔的路径列表指定多个库路径/树。我无法在R 2.13.1-patched上可靠地工作 - 它只需要第一个条目。我让R_LIBS和R_LIBS_USER在我的系统上可靠地工作 - 我通常只设置前者。
.libPaths()可以为搜索到的库树集添加新路径。我只需在.libPaths(new)中添加适当的.Rprofile调用，即可为每个会话添加相关树。然后，您可以选择在安装时安装软件包的位置 - 即使用哪个树。
答案 3 :(得分：2)
要回答，我必须提供一些背景信息。
出于可重现性的目的，我尝试编写内容，包括我的整个R设置。我有一个脚本“initializeR.r”，其中包括安装软件包，我已经安排了软件包，例如与缓存有关的软件包，与可视化，抽样，空间统计等有关的软件包 - 我自己的小东西任务视图，如果你愿意的话。
例如，这是一个片段：
# Profiling & testing
Packages$CodingTools = c("codetools","debug", "profr","proftools","RUnit")
我将一些捆绑包组合成“主要”包（或主要）列表，其他捆绑包进入“辅助”列表。我肯定会在主列表中安装所有内容 - 这些都需要有一个合理的R环境，使用我自己的脚本，函数和包等。（顺便说一下，有些软件包分配给多个软件包，但只有少数几个;在处理汇总列表之前，我会删除它。）
然后我指定一个特定于平台的默认库，并安装到那里。但是，此功能是可扩展的，并且可以扩展此功能以包括每个软件包（或软件包）的可选位置：只需从软件包名称映射，例如， “CodingTools”到一个唯一的目录（库路径），比如“D：/ R / Library / CodingTools”。这可以在初始化脚本中完成，匹配列表＆amp;默认选项，或位置可以存储在别处，例如哈希表，JSON或数据库。
正如其他人所说，默认库路径需要传递给R.可以在.RProfile.site中完成。在我的例子中，我有另一个脚本，用于初始化我想要的R实例。我尝试避免使用R读取的外部参数文件（例如.Rprofile），而是通过我自己的包中的函数调用进行所有初始化（尽管参数仍然是外部的）。这往往使我更容易调试和重现我的工作。因此，我的库路径可以包含在指定数据文件位置的同一种JSON中。
就个人而言，我想摆脱在脚本中定义bundle而不是使用JSON，因为我可以更轻松地为不同的设置配置创建不同的JSON文件。我已经将其用于可重复工作的大多数其他目的。