我在 R 中使用“indicspecies”包进行了分析,
indval.ch <- multipatt(species.indval, samples.indval, duleg = FALSE)
summary(indval.ch)
输出是这样的
Multilevel pattern analysis
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Association function: IndVal.g
Significance level (alpha): 0.05
Total number of species: 910
Selected number of species: 183
Number of species associated to 1 group: 125
Number of species associated to 2 groups: 58
List of species associated to each combination:
Group estromatolito #sps. 8
stat p.value
Candidatus_Methylomirabilis 0.967 0.005 **
Subgroup_26 0.943 0.015 *
Fimbriimonadales 0.787 0.025 *
Methyloceanibacter 0.745 0.035 *
Subgroup_13 0.716 0.035 *
Pseudofulvimonas 0.667 0.040 *
IheB2.23 0.577 0.050 *
SZB85 0.577 0.040 *
Group suelo #sps. 86
stat p.value
Acidothermus 1.000 0.005 **
Geodermatophilus 1.000 0.005 **
Angustibacter 1.000 0.005 **
Oryzihumus 1.000 0.005 **
Actinoplanes 1.000 0.005 **
Dactylosporangium 1.000 0.005 **
Segetibacter 1.000 0.005 **
YC.ZSS.LKJ147 1.000 0.005 **
我的意思是,R 根据我所做的分析向我展示了不同的矩阵。我需要每个数据框才能将结果可视化,我尝试提取每个组并为此搜索了一些代码,但似乎不可能。出于这个原因,我认为我可以复制粘贴结果,但每个元素由不同数量的空格分隔。 是否可以用制表符替换空格?手动操作有点困难。
非常感谢您的帮助。
答案 0 :(得分:1)
我假设您使用的函数是来自该包的 multipatt
。
帮助页面非常清晰。所以你可能会得到一个包含不同元素(矩阵)的列表。
根据您为分析命名结果的方式,您可以通过以下方式访问它们:
my_results_comb <- YOURRESULTSOBJECTNAME$comb
my_results_str <- YOURRESULTSOBJECTNAME$str
如果需要,您可以通过使用 as.data.frame
命令将两个对象包装起来将它们转换为数据框。