汇总数据框并添加平均值±SD的列

Question

我有一个数据框，其中包含2个不同位置的11个豆类的许多变量（土壤特性）。数据的前几列如下所示。

 SPECIES   LOCATION   pH   NO3  NH4    P Organic_C      K   Cu    Mn   Zn   BD X.Sand X.Silt X.Clay
1    C. comosa    Gauteng 5.40  8.24 1.35 1.10      0.95  94.40 3.36 84.40 4.72 1.45   68.0     12      9
2    C. comosa    Gauteng 5.25  8.36 1.37 1.20      0.99  94.87 3.39 84.87 4.77 1.36   76.0     16     13
3    C. comosa    Gauteng 5.55  8.19 1.32 1.11      0.94  94.01 3.35 84.01 4.68 1.54   78.0     14     14
4    C. comosa Mpumalanga 5.84  4.05 3.46 3.04      1.55 130.40 0.28 25.43 2.00 1.66   73.6      9     10
5    C. comosa Mpumalanga 5.49  4.45 3.48 3.09      1.53 131.36 0.27 25.35 2.12 1.45   76.5     11     16
6    C. comosa Mpumalanga 6.19  4.43 3.44 3.04      1.58 129.95 0.29 25.45 2.14 1.87   74.9     13     16
7   C. distans    Gauteng 5.48  8.88 1.96 3.33      0.99 130.24 0.99 40.01 3.94 1.55   70.0      8     11
8   C. distans    Gauteng 5.29  8.54 1.99 3.28      0.99 130.28 0.95 40.25 3.89 1.48   79.0     12     15
9   C. distans    Gauteng 5.67  8.63 1.93 3.39      1.02 130.30 0.98 40.12 3.97 1.62   79.0     10     16
10  C. distans Mpumalanga 5.61  6.02 2.65 4.45      2.58 163.25 1.79 53.11 6.11 1.68   72.0      8     10
11  C. distans Mpumalanga 5.43  6.58 2.55 4.49      2.59 163.55 1.78 52.89 6.04 1.63   78.0     15     14
12  C. distans Mpumalanga 5.79  6.24 2.59 4.41      2.59 163.27 1.75 53.03 6.19 1.73   75.0     16     12
13 E. cordatum    Gauteng 4.38 16.29 5.76 4.77      3.25 175.38 1.11 35.87 8.54 1.53   33.0      9     40
14 E. cordatum    Gauteng 4.05 16.15 5.63 4.73      3.29 175.90 1.23 34.34 8.61 1.42   45.0     13     50
15 E. cordatum    Gauteng 4.71 15.89 5.99 4.80      3.25 174.54 1.19 36.44 8.58 1.64   42.0     14     54

对于每个位置，我想对数据进行汇总，以使土壤属性在第一列中，而豆类在其他列中，并且每个值均报告为平均值±SD。如下表所示。

我正在考虑dcast，但是我不确定如何获取平均值±SD

Answer 1

在Base R中，这将为您提供准确的输出，但是您失去了随后（轻松）提取数字的能力。如果以后要处理更多数据，则有更好的存储数据的方法。

as.data.frame(t(aggregate(. ~ LOCATION, df[,-1], function(x) paste(round(mean(x),2),"±", round(sd(x),2)))))

                      V1             V2
LOCATION         Gauteng     Mpumalanga
pH           5.09 ± 0.57    5.72 ± 0.28
NO3         11.02 ± 3.83     5.29 ± 1.1
NH4          3.03 ± 2.09    3.03 ± 0.47
P            3.08 ± 1.58    3.75 ± 0.76
Organic_C    1.74 ± 1.14    2.07 ± 0.57
K         133.32 ± 35.08 146.96 ± 17.96
Cu           1.84 ± 1.15    1.03 ± 0.82
Mn         53.37 ± 23.39  39.21 ± 15.12
Zn           5.74 ± 2.15     4.1 ± 2.21
BD           1.51 ± 0.09    1.67 ± 0.14
X.Sand     63.33 ± 18.18      75 ± 2.11
X.Silt          12 ± 2.6      12 ± 3.22
X.Clay     24.67 ± 17.99      13 ± 2.76

编辑：

如果要获得所有物种/位置的结果，可以使用

as.data.frame(t(aggregate(. ~ SPECIES + LOCATION, df, function(x) paste(round(mean(x),2),"±", round(sd(x),2)))))

                    V1            V2            V3            V4            V5
SPECIES      C. comosa    C. distans   E. cordatum     C. comosa    C. distans
LOCATION       Gauteng       Gauteng       Gauteng    Mpumalanga    Mpumalanga
pH          5.4 ± 0.15   5.48 ± 0.19   4.38 ± 0.33   5.84 ± 0.35   5.61 ± 0.18
NO3        8.26 ± 0.09   8.68 ± 0.18   16.11 ± 0.2   4.31 ± 0.23   6.28 ± 0.28
NH4        1.35 ± 0.03   1.96 ± 0.03   5.79 ± 0.18   3.46 ± 0.02    2.6 ± 0.05
P          1.14 ± 0.06   3.33 ± 0.06   4.77 ± 0.04   3.06 ± 0.03   4.45 ± 0.04
Organic_C  0.96 ± 0.03      1 ± 0.02   3.26 ± 0.02   1.55 ± 0.03   2.59 ± 0.01
K         94.43 ± 0.43 130.27 ± 0.03 175.27 ± 0.69 130.57 ± 0.72 163.36 ± 0.17
Cu         3.37 ± 0.02   0.97 ± 0.02   1.18 ± 0.06   0.28 ± 0.01   1.77 ± 0.02
Mn        84.43 ± 0.43  40.13 ± 0.12  35.55 ± 1.09  25.41 ± 0.05  53.01 ± 0.11
Zn         4.72 ± 0.05   3.93 ± 0.04   8.58 ± 0.04   2.09 ± 0.08   6.11 ± 0.08
BD         1.45 ± 0.09   1.55 ± 0.07   1.53 ± 0.11   1.66 ± 0.21   1.68 ± 0.05
X.Sand       74 ± 5.29      76 ± 5.2     40 ± 6.24     75 ± 1.45        75 ± 3
X.Silt          14 ± 2        10 ± 2     12 ± 2.65        11 ± 2     13 ± 4.36
X.Clay       12 ± 2.65     14 ± 2.65     48 ± 7.21     14 ± 3.46        12 ± 2

如果您真的只想要一个位置，就可以使用。

as.data.frame(t(aggregate(. ~ SPECIES,df[df$LOCATION == "Gauteng",-2], function(x) paste(round(mean(x),2),"±", round(sd(x),2)))))

                    V1            V2            V3
SPECIES      C. comosa    C. distans   E. cordatum
pH          5.4 ± 0.15   5.48 ± 0.19   4.38 ± 0.33
NO3        8.26 ± 0.09   8.68 ± 0.18   16.11 ± 0.2
NH4        1.35 ± 0.03   1.96 ± 0.03   5.79 ± 0.18
P          1.14 ± 0.06   3.33 ± 0.06   4.77 ± 0.04
Organic_C  0.96 ± 0.03      1 ± 0.02   3.26 ± 0.02
K         94.43 ± 0.43 130.27 ± 0.03 175.27 ± 0.69
Cu         3.37 ± 0.02   0.97 ± 0.02   1.18 ± 0.06
Mn        84.43 ± 0.43  40.13 ± 0.12  35.55 ± 1.09
Zn         4.72 ± 0.05   3.93 ± 0.04   8.58 ± 0.04
BD         1.45 ± 0.09   1.55 ± 0.07   1.53 ± 0.11
X.Sand       74 ± 5.29      76 ± 5.2     40 ± 6.24
X.Silt          14 ± 2        10 ± 2     12 ± 2.65
X.Clay       12 ± 2.65     14 ± 2.65     48 ± 7.21