如何在R中的系统命令中运行“ conda ***”

Question

我想在conda环境中运行系统命令，但是我不知道如何获取R来将命令发送到正确初始化的bash shell。我尝试了system('conda activate myenv && mycommand')，但收到有关需要运行conda init bash的警告。尝试system('conda init bash && conda activate myenv')会引发相同的错误。将bash设为第一个命令将冻结RStudio，例如system('bash && ....）`。

有没有办法在R中发送系统命令，该命令将在采购我的.bashrc文件之后运行？

Answer 1

我认为您可以在运行system('source ~/.bashrc && conda activate myenv && mycommand')之后使用conda init，并且您的.bashrc文件包含由以下内容分隔的代码块：

# >>> conda initialize >>>
...
# <<< conda initialize <<<