Question

我写了一个python脚本（在我朋友的大力帮助下），该脚本允许我执行以下操作：

1. Search multiple directories for files with the identical names 2. Append the absolute path to the name of the file 3. Add all the files to one directory

这样做是为了避免使用cp命令时文件被覆盖。

最近我尝试使用该脚本，但是现在出现这样的错误：

代码：python ~/gatherfiles.py —outdir protein_files —trgfile ./*/protein.faa

错误： gatherfiles.py: error: unrecognized arguments: ./GCF_000374525.1_ASM37452v1_genomic.fna_dfast/protein.faa ./GCF_000463742_ASM94337v1_genomic.fna_dfast/protein.faa ./GCF_...etc. 有人知道如何克服这个问题吗？

这是实际的脚本：

_all__ = ['gatherfiles']
import os
import glob
import shutil
import argparse

def gatherfiles(outdirpath, trgfilename):
  """
  Args:
  - outdirpath (str): A path to output directory.
  - trgfilename (str): A name of target file. Escape sequence is available (eg. '*.txt').
  """

  # make output dir
  os.makedirs(outdirpath, exist_ok=True)

  # search target file
  paths = glob.glob(trgfilename, recursive=True)

  for path in paths:
    dname = os.path.dirname(path).split('/')[-1]
    fname = path.split('/')[-1]
    shutil.copyfile(path, os.path.join(outdirpath,dname+'_'+fname))

if __name__ == '__main__':
  parser = argparse.ArgumentParser(formatter_class=argparse.ArgumentDefaultsHelpFormatter)

  parser.add_argument('--outdir', type=str, required=True, help='path to output directory.')
  parser.add_argument('--trgfile', type=str, required=True, help='name of target file.')
  opt = parser.parse_args()

  gatherfiles(opt.outdir, opt.trgfile)

我希望新命名的文件存储在输出文件中，而不会互相覆盖。

Answer 1

解析器的参数--trgfile包含一个字符串。但是您使用通配符调用脚本：—trgfile ./*/protein.faa。

此通配符然后被评估为多个字符串，因此出现无法识别的参数错误。

将trgfile更改为接受多个值（添加nargs='+'），或使用单个trgfile调用脚本。

Answer 2

您正在从外壳程序运行它，外壳程序进行了自己的全局扩展。如果您想传递参数

./*/protein.faa

对于未展开的程序，您需要对其进行转义以保护它不受外壳保护，例如。

'./*/protein.faa'

或者，如Taek所说，您可以更改函数和arg解析器以接受目标路径的预展开列表。

如何使用“无法识别的参数”解决错误？

2 个答案: