Question

我有一个像这样的data.frame：

 tab ->
                                    elements   scaffold   start     end Lengths
1             Dong-1_NVe_R4_Nematostella12_1 KQ415659.1   14193   14540     347
2                  OK_SINE2/tRNA_Octopus44_1 KQ415659.1   68391   68626     235
3               RTE-8_NV_RTE_Nematostella6_1 KQ415659.1   69123   69884     761
4                    Simple_repeat_(TCTT)n_1 KQ415659.1   70693   70827     134
5                RTE1-N1_LA_RTE_Loxodonta1_1 KQ415659.1   83088   83298     210
6                  OK_SINE2/tRNA_Octopus93_5 KQ415659.1   91375   91569     194
7             Mariner1_BT_Mariner/Tc1_Bos3_3 KQ415659.1  101964  102378     414
8       Simple_repeat_(TA)nSimple_repeat96_1 KQ415659.1  104735  104877     142
9                       AmnSINE2SINE/Deu30_2 KQ415659.1  110117  110255     138
10     Simple_repeat_(CATA)nSimple_repeat4_1 KQ415659.1  110622  111165     543
11      Simple_repeat_(TTA)nSimple_repeat9_1 KQ415659.1  112842  112959     117
12                       TS2_SINE_Solanum4_1 KQ415659.1  117206  117467     261
13              RTE-8_NV_RTE_Nematostella6_3 KQ415659.1  118195  118433     238

，然后从R将其导出为床格式。有人可以帮助我吗？

Answer 1

诸如BED，GFF之类的规范以及其他一些规范试图标准化数据框的列。因此，只需按照正确的顺序获取数据框的列，然后编写表格即可。

有3个必填字段，然后还有几个可选字段as described by the folks at UCSC。坚持说明，将数据框写到表中，一切就好。

bed <- tab[,c('scaffold', 'start', 'end', 'elements')]
colnames(bed) <- c('chrom', 'chromStart', 'chromEnd', 'name')
write.table(bed, "file.bed")

以床格式从R导出文件

1 个答案: