我正在运行PyMOL的Autodock / Vina插件(在Ubuntu 18.04上)。它取决于AutoDockTools(其Python 3版本似乎不可用),因此我正在为Python 2运行PyMOL。开始准备接收器时,它会引发错误:
Batch: /opt/pymol/bin/AutoDockTools/Utilities24/prepare_receptor4.py -r /opt/pymol2/bin/receptor.5l7s.pdb -o /opt/pymol2/bin/receptor.5l7s.pdbqt -A checkhydrogens
Traceback (most recent call last):
File "/opt/pymol/bin/AutoDockTools/Utilities24/prepare_receptor4.py", line 10, in <module>
import MolKit.molecule
File "/opt/pymol/bin/AutoDockTools/Utilities24/MolKit/molecule.py", line 25, in <module>
from mglutil.util import misc
File "/opt/pymol/bin/AutoDockTools/Utilities24/mglutil/util/misc.py", line 19, in <module>
import numpy.oldnumeric as Numeric
ImportError: No module named oldnumeric
我知道NumPy从v1.9中删除了oldnumeric,并且在这些脚本中编辑的代码太多,无法从所有numpy.oldnumeric中删除。所以我不得不降级到numpy v1.8。我现在可以在解释器中导入numpy.oldnumeric,但是插件似乎仍然无法导入它。我究竟做错了什么?我需要在某处提到Python / NumPy版本吗?
编辑:当怀疑某些库可能在Python 3上运行时,我也将Python 3中的NumPy降级了。但这似乎也不起作用。