Question

我有一个使用mpi的程序。要对其进行调试，可以使用mpirun -np 2 xterm -e gdb myprog。

但是，xterm在我的机器上有故障。我想尝试gnome-terminal，但是我不知道要输入什么。我尝试过：

1）mpirun -np 2 gnome-terminal -- gdb myprog

2）mpirun -np 2 gnome-terminal -- "gdb myprog"

3）mpirun -np 2 gnome-terminal -- bash -c "gdb myprog"

4）mpirun -np 2 gnome-terminal -- bash -c "gdb myprog; exec bash"

但是这些似乎都不起作用。 1），3），4）在gdb run之后说：

MPI_INIT似乎由于某种原因而失败；您的并行过程是   可能会中止。并行进程可以有很多原因   在MPI_INIT期间失败；其中一些是由于配置或环境   问题。此故障似乎是内部故障。这是一些   其他信息（可能仅与开放式MPI有关   开发人员）：

ompi_mpi_init：ompi_rte_init失败

->返回“（null）”（-43）而不是“成功”（0）

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*** MPI_Init中发生错误

***在NULL通信器上

*** MPI_ERRORS_ARE_FATAL（此通信器中的进程现在将中止，

***甚至可能是您的MPI工作）

[oleg-VirtualBox：4169]在MPI_INIT成功完成之前，本地中止，但是无法汇总错误消息，并且不能保证其他所有进程都被杀死！

[下级1（进程4169）以代码01退出]

在2）终端中说：

为此终端创建子进程时出错

无法执行子进程“ gdb应用”（没有此类文件或目录）

顺便说一句，我使用Ubuntu 18.04.02 LTS。

我该怎么办？

编辑：事实证明，不是xterm是越野车，而是带有--tui选项的gdb。如果您的程序打印了某些内容，则无论在哪个终端上，gdb窗口都将开始不正确地显示内容。

Answer 1

问题是gnome-terminal将请求的程序移交给终端服务器，然后立即退出。然后，mpirun看到已启动的程序已退出，并破坏了MPI运行时环境。当MPI程序实际启动时，mpirun已经退出。据我所知，没有办法让gnome-terminal等到给定命令结束。

有一个解决方法：与其直接使用mpirun启动gnome-terminal，不如使用两个包装器脚本。第一个由mpirun启动。它创建一个临时文件，告诉gnome-terminal启动第二个包装器脚本，然后等待直到临时文件消失。第二个包装器脚本运行您实际要运行的命令，例如gdb myprog，等待其结束，然后删除临时文件。此时，第一个包装器注意到临时文件消失并退出。然后mpirun可以安全地破坏MPI环境。

从脚本本身可能更容易理解。

debug.sh：

#!/bin/bash
# This is run outside gnome-terminal by mpirun.

# Create a tmp file that we can wait on.
export MY_MPIRUN_TMP_FILE="$(mktemp)"

# Start the gnome-terminal. It will exit immediately.
# Call the wrapper script which removes the tmp file
# after the actual command has ended.
gnome-terminal -- ./helper.sh "$@"

# Wait for the file to disappear.
while [ -f "${MY_MPIRUN_TMP_FILE}" ] ; do
    sleep 1
done

# Now exit, so mpirun can destroy the MPI environment
# and exit itself.

helper.sh

#!/bin/bash
# This is run by gnome-terminal.

# The command you actually want to run.
"$@"

# Remove the tmp file to show that the command has exited.
rm "${MY_MPIRUN_TMP_FILE}"

以mpirun debug.sh gdb myproc的身份运行。

如何从mpirun在gnome-terminal中运行gdb？

1 个答案: