我正在R中的一个库上，我需要在其中上载多个.pdb文件。但是问题在于，在上传一个文件之后，该程序不会获取另一个文件，因此，我必须关闭该程序，然后再次打开它，然后再次安装所有依赖项。这是我正在使用的库，您可以在此处获取代码：https://pubs.acs.org/doi/suppl/10.1021/acs.jcim.8b00146/suppl_file/ci8b00146_si_001.pdf（代码从第9页开始）
请为我建议一些代码，以便上传多个.pdb，并且可以在一次运行中执行计算。任何帮助将不胜感激。