Question

这是一个经常出现的问题，经常挑战我的AWK技能。如何列出群集中的所有作业以及分配的节点列表。

类似的东西：

 JobId          Job Name    State      Hosts
               . . .
 29428   _2.0_cont_7.job        R      fm3/6
 29429   _2.2_cont_7.job        R      fm3/6
 29430   _2.4_cont_8.job        R      fm1/6
 29431   _2.6_cont_8.job        R      fm1/6
 29835           taverna        R   mathserv/40
               . . .

sinfo或qstat是否有一个参数，可以提供相似的输出而无需进一步处理？还是perl或awk一线好做这项工作？

这是我目前正在跑步的

qstat -f | awk \
   '/Job Id/ {job=$3 ; 
        if (s > 0) {printf("%6s\t%16s\t%5s\t%8s\n",job,name,state,host); } s+=1} 
   /exec_host/ {host=$3} 
   /Job_Name/ {name=$3} 
   /job_state/ {state = $3} 
   END {printf("%6s\t%16s\t%5s\t%8s\n",job,name,state,host)}
   BEGIN {printf("%6s\t%16s\t%5s\t%8s\n","JobId","Job Name","State","Hosts")}'

更新

这是qstat -f输出的一部分：

Job Id: 29835
    Job_Name = taverna
    Job_Owner = meos@taverna
    interactive = True
    job_state = R
    queue = all
    qtime = Wed Apr 10 12:02:10 2019
    mtime = Wed Apr 10 12:02:10 2019
    ctime = Wed Apr 10 18:02:10 2019
    exec_host = mathserv/40
    Priority = 4294873206
    euser = meos(1006)
    egroup = meos(1000)
    Resource_List.walltime = 06:00:00
    Resource_List.nodect = 1
    Resource_List.ncpus = 40

为集群上运行的每个作业打印此类块。

此处exec_host参数标识节点以及该节点或至少一个节点上的插槽数，并为作业分配了相应的插槽数。其余参数是不言自明的。

仅此块的预期输出将是

 JobId          Job Name    State      Hosts
 29835           taverna        R   mathserv/40

更新2

对于感兴趣的任何人，请更新原始的AWK程序以修复一些错误并改善格式。碰巧在Torque和PBS管理的集群上也能很好地工作。

qstat -f | awk '/Job Id/ {job=$3 ; 
        if (s > 0) {printf(format,lastjob,user,name,state,host)} ;
        lastjob=job ; s+=1} 
   /exec_host/ {host=$3} 
   /Job_Name/ {name=$3} 
   /job_state/ {state = $3} 
   /Job_Owner/ {user=$3; sub("@.*","",user)}
   END {printf(format,lastjob,user,name,state,host)}
   BEGIN {format="%10s\t%10s\t%25s\t%5s\t%8s\n";
          printf(format,"JobId","Owner","Job Name","State","Hosts")}'

Answer 1

如果qstat手册页上没有您喜欢的内容，则像您一样解析输出。

Perl就在这里

qstat -f | perl -wne'
    /Job Id:\s+(.*)/                              && push(@r, [$1])   or 
    /(?:Job_Name|job_state|exec_host)\s+=\s+(.*)/ && push(@{$r[-1]}, $1) 
    }{ 
    printf("%6s\t%16s\t%5s\t%8s\n", ("JobId", "Job Name", "State", "Hosts")
    printf("%6s\t%16s\t%5s\t%8s\n", @$_) for @r'

我在这里复制您的输出格式。 }{语法标志着END块的开始。

Job Id行在结果@r中开始一个新的arrayref，其ID为第一个元素。其他期望的字段按照出现的顺序添加到@r中的最后一个（当前）arrayref中。

Answer 2

由于输入和输出的顺序相同，因此可以不使用END块来完成此操作。宽度0会触发换行符。

qstat -f | perl -nle'
   BEGIN { 
       @fields=("Job Id",qw( Job_Name job_state exec_host )); 
       @width{@fields}=(6,20,9,0); 
       $"="|"; $re=qr/^\s*(@fields)\s*[:=]\s*(.*\S)/; 
       printf "%$width{$_}s\t",$_ for @fields; print "";
   } 
   printf "%$width{$1}s\t%s", $2, $width{$1}?"":"\n" if /$re/
'

Answer 3

您可以直接为大多数设置squeue输出格式。 AFAICT，尽管如此，它不会单独提供每个节点的CPU使用率：

squeue -t R --format="%.20i %.20j %.5t %.5C %R"

示例输出：

               JOBID                 NAME    ST  CPUS NODELIST(REASON)
            18206767 job_TR1_11_run007188     R     1 node05
            18206768 job_TR2_11_run007188     R     1 node13
            18207078 job_T1_11_run007188_     R     1 node24
            18207079 job_T2_11_run007188_     R     1 node14
            18207080 job_T3_11_run007188_     R     1 node17

有关更多详细信息，请参见man squeue或https://slurm.schedmd.com/squeue.html。

哪个作业在哪个节点上运行？

3 个答案: