使用“ fread”，如何从csv中消除注释行？

Question

我必须阅读一个CSV文件，其中包含一些注释行（以＃开头）以及数据行。 fread功能用于读取此CSV文件。

config <- fread("Configuration.csv")

在此文件中，行数不固定，可能会更改。如何在没有这些注释行的情况下读取CSV。

预先感谢！

Answer 1

更新的答案

我假设您使用的是Windows ...如果这样，则可以将结果从findstr到fread()。
原始答案的数据将保存到test.csv。

data.table::fread( cmd = 'findstr "^[^#]" test.csv', sep = "\n", header = FALSE )

#                V1
#1:  line,with,data
#2: line2,with,data

findstr /b /v test.csv给出相同的结果

在Linux上，您可以（可能）将grep命令的输出传递给fread()。

旧答案

此解决方案在仅处理一个文件时不是很有帮助，但是在使用lapply()读取多个文件时将很有帮助

text = "line,with,data
#commentline,with,data
line2,with,data"

data.table::fread( text, sep = "\n", header = FALSE )[!grepl( "^#", V1 )]

Answer 2

您可以尝试在之前而不是之后使用grep清理数据：

config <- fread("grep -v '^#' Configuration.csv")

已更新：

如果使用fread（）的目的仅是将数据转换为data.table，则可以使用read.table（）代替默认的comment.char =“＃”，然后将结果转换为data.table：

config <- as.data.table(read.table(header = TRUE, "Configuration.csv"))