Question

我试图寻找类似主题的问题的答案，但没有成功。也许我忽略了。任何帮助表示赞赏！

因此，我在当前目录中有数百个文件夹，名称从folder1000到folder1500。在每个文件夹中，我都有一个.fastq文件，其名称不同（Lib1.fastq，Lib2.fastq等）。我想通过运行Shell脚本在一个循环命令中继续处理这些文件。

这是我在终端中运行的一个文件的shell脚本（script.sh）（它将创建输出并继续进行）：

#!/bin/sh
bowtie --threads 4 -v 2 -m 10 -a genome Lib1.fastq --sam > Lib1.sam
samtools view -h -o Lib1.sam Lib1.bam
sort -k 3,3 -k 4,4n Lib1.sam > Lib1.sam.sorted
# ...etc

这是我尝试在shell脚本中执行的循环（在这里，我仅从一个简单的check“ head”命令开始，并且仅从5个头文件夹开始），该循环从当前目录运行，其中所有文件夹位于：

#!/bin/sh

for file in ./folder{1000..1005}
do
head -10 *.fastq
done

但是结果是：

head: *.fastq: No such file or directory
head: *.fastq: No such file or directory
head: *.fastq: No such file or directory
head: *.fastq: No such file or directory
head: *.fastq: No such file or directory

因此，即使是简单的检查命令也无法循环执行。不知何故我看不到该文件。但是，如果我直接在以下文件夹之一中运行命令：

MacBook-Air-Maxim:folder1000 maxim$ head -10 *.fastq

然后我得到正确的结果（显示文件的前10行）。

有人可以建议以最方便的方式处理所有文件的方法吗？

非常感谢，很抱歉，我正在学习。

Answer 1

好吧，您正在使用变量$file遍历文件夹，但是没有在循环主体中使用此变量。只需使用它即可：

#!/bin/sh

for file in ./folder{1000..1005}
do
    head -10 $file/*.fastq
done

总体问题中还有其他问题，但这是解决问题的答案。让我们一一解决问题：-）

For循环：处理UNIX中不同文件夹中的文件

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