Question

我正在使用awk编写一个简单的shell命令，如下所示：

input_folder='/home/Desktop/files'
results_folder='/home/results'

for entry in $input_folder/*
do

re=$(samtools view -H $entry | grep -P '^@SQ' | cut -f 3 -d ':' | awk '{sum+=$1} END {print sum}')

echo -e "$(samtools depth $entry | awk '{sum+=$3} END { print $(sum/$re)}')\t/$entry" >> $results_folder/Results.txt

done

变量re中的结果是一个数字，但是在第二个命令re中使用print $(sum/$re)}'的结果给我这个错误 awk: cmd. line:1: (FILENAME=- FNR=312843568) fatal: division by zero attempted

我尝试不将变量$放在变量中，但也会出现相同的错误。

有什么帮助吗？

Answer 1

将awk部分更改为：

awk -v re="$re" '{sum+=$3} END { if(re) print sum/re; else print "oo";}'

您必须使用-v将变量传输到awk。
而且最好检查re是否为零。
我用oo代表Infinity symbol。

Answer 2

我不清楚您为什么要向echo发送awk命令的输出。 Y我们实际的awk命令应该是避免您的错误（在该命令中，它表明您将其除以零）。尝试将您的awk程序更改为跟踪一次吗？

awk -v re="$re" '{sum+=$3} END {if(re){print (sum/re)} else {print "Please check seems value of re is ZERO else you will get an error from awk program}}'

Answer 3

将bash变量替换为awk即可完成工作：

awk '{sum+=$3} END { print(sum/'${re}') }'

在传递给awk之前，您最好还要在bash中检查$ {re}是否为非零值。

在awk结果除以零内处理变量

3 个答案: