Question

在编织BASH块中回显的$ PATH缺少了我的MACOS终端中$ PATH的某些路径。这是为什么？有什么方法可以在knitr中的bash引擎中设置与终端相同的默认$ PATH？

1-编织：

```{bash}
echo $PATH
```

/ usr / bin：/ bin：/ usr / sbin：/ sbin：/ usr / local / bin：/ Applications / VMware Fusion.app/Contents/Public:/Library/TeX/texbin:/opt/X11/ bin：/ opt / local /

2-在终端中：

echo $PATH

/opt/local/bin:/opt/local/sbin:/Users/xxx/miniconda3/bin:/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.6/bin:/usr/local/bin:/usr / bin：/ bin：/ usr / sbin：/ sbin：/ usr / local / mysql / bin：/ Applications / vcflib / bin：/ Applications / bedtools

Answer 1

那是因为在OSX / MacOS中通过GUI启动外壳程序时，.profile（以及.bash_profile，.bashrc）没有运行。本质上是login shell and a non-login shell

的区别

在终端中，运行cat ~/.profile来查看.profile包含的内容。不同的用户会有所不同，您可以自由地根据自己的喜好进行修改。

有多种方法可以使R中的$PATH与.profile匹配。最直接的方法是使用Sys.setenv(PATH=...)添加路径，但这仅适用于每个会话，当您重新启动R时它将被重置。一个更永久的选择是将Sys.setenv(PATH=...)放在.Rprofile中，或者在PATH中定义.Renviron。

为什么编织程序代码块中的$ PATH与Terminal中的$ PATH不同？

1 个答案: