netbeans中在计算调试和执行程序时的运行时间有何不同？

Question

我有两种方法，我想计算每种方法的运行时间，但是在调试代码时，结果值与执行代码时的结果不同。我想知道问题是什么。

    startTime1 = System.currentTimeMillis();
          BloomFilterIndex rr=  re.encryptTree(st);
          endEncryptedTreeTime= System.currentTimeMillis() - startTime1;

          endEncryptedTreeTime/=1000.0;
          endEncryptedTreeTime1=(endEncryptedTreeTime)-(re.endCreateMatrix);

  startTime11 = System.currentTimeMillis();
                 re.encryptFiles(re.bfList);
              encryptedBFListInTime= System.currentTimeMillis()-startTime11;

              encryptedBFListInTime/=1000.0;
               encryptedBFListInTime1=(endBloomFilterListTime)+(encryptedBFListInTime)

调试时导致endEncryptedTreeTime1大于encryptedBFListInTime1，但执行程序结果时反转。