将数据集拆分为多个列名称

Question

我正在尝试根据列名称将数据集拆分为多个数据集：

for(i in 1:nrow(column_vals)){
  dataset_filtered <- dataset_metadata %>% 
  filter(characteristics..strain == column_vals[i,1], 
                          characteristics..age == column_vals[i,2])
  samples <- dataset_filtered[,1]
  samples <- substr(samples, 1, 22)
  exprs_filtered <- as.data.frame(exprs) %>% filter(colnames(exprs) %in% 
 samples)
  saveRDS(exprs_filtered, paste0(path, i, sep=""))
} 

samples是一个character数组，其中包含需要在每次迭代时选择的不同列名。上面的代码我收到一个错误：

exprs的尺寸为21266x24185。我尝试使用grepl函数：

is.in <- grepl(paste(colnames(exprs), collapse="|"), samples)
exprs_filtered <- exprs[, is.in]

但它给了我另一个错误：

我在这里做错了什么？如何解决问题？任何建议都将不胜感激。

  

更新

我尝试转置exprs数据集：as.data.frame(t(exprs)) %>% ...并且错误消失了，但过滤仍然无效：我每次迭代都得到零过滤结果。 exprs数据集的方式如下：

samples个字符数组之一：

Answer 1

如果您的数据是21266x24185，则错误表明您可能需要使用t()转置exprs或示例以获得相同的方向。

编辑：

R已在您的exprs标头中添加了一个X，因此它们不再与示例中的那些匹配。当读取exprs文件（例如read.csv()）时，添加参数check.names = F，这将阻止这一点 - 尽管请谨慎使用，因为语法上无效的标题可能会影响其他函数。有关详细信息，请参阅?make.name

如果仍然无法解决问题，请确认expr中的某些标头确实与样本匹配，以便我们期望输出。

如果您提供的示例包含我们可以复制到R（文本，而不是图像）的格式的匹配数据，如果这不能解决问题，我们可能会提供进一步的帮助。