从大型h5文件中选择方形子矩阵

Question

我有一个大的h5文件（50gb）。我需要从文件中提取一个方形子矩阵。到目前为止，我的代码是：

import h5py
import random 

file = h5py.File('numDistances.h5', 'r')
data = file['DS1'] # 120,000 x 120,000 matrix

randomRows = random.sample(range(110000), 40000)
randomRows.sort()

# Get the rows first and then the corresponding columns:
rows = data[randomRows, :]
output = rows[:,randomRows]

不幸的是，像这样拉出数据非常慢。你知道任何切片技术/附加库可以帮助我更快地做到这一点，谢谢。