如何在CWL文件中放入两个bash命令？

Question

我是CWL工具的新手。我可以在basecommand中使用任何bash命令，即：

basecommand cat

或

basecommand [wc, -w]

我应该如何修改它以使其与

相同

cat | wc -w

会吗？

Answer 1

应该使用参数和InlineJavascriptRequirement来指定参数中的输入：

baseCommand: cat

arguments:
  - $(inputs.infile)
  - "|"
  - wc
  - w

Answer 2

您还可以编写bash脚本并在cwl中运行脚本。我的意思是：

basecommand: sh 
inputfile: script.sh

脚本可以包含所有命令，例如cat和wc。该脚本还可以为您的命令获取其他输入，例如文件或字符串，您可以在脚本中使用它们$ 1和$ 2，然后继续使用$ 1与第一个参数相关。