我想使用MPI在HPC群集上并行运行R.我知道包 snow 中的makeCluster函数可用于指定节点数。例如:makeCluster(2,type="MPI")
表示2个节点。如果没有将类型指定为" MPI",makeCluster(2)
将表示单个节点上的2个核心。
有没有办法同时指定节点数和核心数?
如果将类型指定为MPI,则默认使用每个节点上的核心数<?p>
答案 0 :(得分:3)
snow
和parallel
软件包
不,如果你的MPI实现是OpenMPI,那么你可以在服务器的MPI配置中指定它。有一个相当丰富的语法,hwloc
库应该给你硬件位置。
但是在最后的R只知道工作节点的数量&#39;并将如何和 传递给您选择的特定实现。