Question

当我运行此脚本时，我收到一条错误消息：＆＃34; sort：write failed：标准输出：管道损坏＆＃34;

如果有人可以帮助我，那就太棒了，我会因为这个错误而疯狂

输入文件是一个包含FASTA格式的DNA序列的文件列表，因此每个文件都有几个序列（每个序列在一行中），格式如下： $ 1（标识符）$ 2,3,4,5,6,7＆amp; 8（更多值）$ 9（DNA序列）

然后我希望在每个文件中按序列数（$ common_hits）选择每个序列（这个数字不是固定值，但我为示例设置了6） - 必须删除所有少于6个序列的文件 - 有6个序列的文件是可以的 - 包含6个以上序列的文件必须减少到6个序列（这些序列由字段$ 5的较高值选择）

输出文件必须包含所有6个序列，序列（字段$ 9）必须在标识符后面的行中

我暂时没有删除超过6个序列的原始文件，因为我想确定它有效

par_list=`ls -1 *BR`

common_hits="6"

for i in ${par_list}

do

   if [ "`cat ${i} | wc -l`" -lt "${common_hits}" ]
   then
      rm -f ${i}
   elif [ "`cat ${i} | wc -l`" -gt "${common_hits}" ]
   then
      cat ${i} | sort -nr -k 5 | head -n ${common_hits} | \
      awk '{print $1"    " $2"    " $3"    " $4"    " $5"    " $6"    " $7"           "$8 ; print $9}' > ${i}.ph 
   fi

done

Answer 1

data: { selectedProducts: [] } 始终报告错误，如果sort | head在head写完所有输出之前退出（或以其他方式关闭其标准输入）（将会是如果sort写的流比sort消耗的流长得多，则为case。这是按设计的：如果head无法写出其所有输出，那么预计会失败;如果它忽略了这样的故障，它也会忽略由于其他原因而无法写出输出的情况（磁盘已满，网络连接断开等等。

这没有什么不寻常或不可取的。如果您不关心错误，请忽略它，并检查管道输出的行数，以确定您是否有错误条件。

排序中的bash错误＆＃34;排序：写入失败：标准输出：管道损坏＆＃34;

1 个答案: