Question

我有一个计算＆＃34;或者＆＃34;的函数。我的数据列表类型。

java.time

目标是编写带有坐标的输出文本文件。

keyword = sys.argv[1]  # a name from the Name column

def exon_coords():
    exon_start_plus = [] # Plus strand coordinates
    exon_start_minus = [] # Minus strand coordinates
    for line in csv.reader(sys.stdin, csv.excel_tab):
        if len(line) >= 1:
            if re.search(keyword, str(line)): # If arg keyword exists in file
                if line[3] == "-": # If the DNA strand is a minus strand
                    chrompos = line[0] + ";" # Get the chromosome position
                    exon_start_minus.append(chrompos+line[1]) # Full exon position
                else: # all other lines are plus strands
                    chrompos = line[0] + ";" 
                    exon_start_plus.append(chrompos+line[1])

return exon_start_minus, exon_start_plus #Return lists

或者，如果关键字导致了MINUS链：

with open(keyword+"_plus.txt", "w") as thefile:
    for item in exon_start_plus:
        thefile.write("{}, ".format(item))

我尝试将这些写入文件放在代码中，但是返回函数不会给我完整的列表，而我最终每次只写一个坐标。我把它们放在最后，但是这导致空文件和空字符串 - 我想将它作为一个函数保留，并让它确定关键字（即基因ID）是否具有给予正/负链的坐标（我有一个包含这些数据的巨大数据文件，重点是不要手动扫描ID并查看它们是加/减DNA链。）

谢谢！

编辑（示例数据，必须删除一些列，所以我也编辑了代码）：

with open(keyword+"_minus.txt", "w") as thefile:
    for item in exon_start_minus:
        thefile.write("{}, ".format(item))

因此，如果我使用ENSPFOG0000001作为我的关键字，那么脚本应该运行并确定链是加号，收集列表中的起始坐标，然后输出一个只有坐标的文件。该文件将包含关键字+＆＃34; _plus.txt＆＃34;追加。如果它是ENSPFOG0000002，那么它将收集负链坐标，并创建一个文件，其中关键字+＆＃34; _minus.txt＆＃34;被建造。

Answer 1

空列表的计算结果为False：

>>> exon_start_minus, exon_start_plus = [], []
>>> bool(exon_start_minus), bool(exon_start_plus)
(False, False)
>>> exon_start_minus, exon_start_plus = [1], []
>>> bool(exon_start_minus), bool(exon_start_plus)
(True, False)
>>> exon_start_minus, exon_start_plus = [1], [1]
>>> bool(exon_start_minus), bool(exon_start_plus)
(True, True)
>>> exon_start_minus, exon_start_plus = [], [1]
>>> bool(exon_start_minus), bool(exon_start_plus)
(False, True)

因此，您可以测试空列表并根据需要采取措施

>>> if exon_start_plus:
    print('!!!')

!!!
>>> if exon_start_minus:
    print('!!!')

>>>

从函数中检索两个列表：

exon_start_minus, exon_start_plus =  exon_coords()

如何从同一函数中的两个循环中获得结果？

1 个答案: