如何在for循环中为不同的样本运行创建的python程序？

Question

我有一个python程序，旨在获取inputfile (containing data for multiple samples)。多个样本的数据分开存储，因此可以通过提交sample name as --s

来访问

$python2.7 calc_something.py --i inputfile.txt --s sample01  --p1 parameters --p2  para2 --o output_sample01

我想通过提供样本名称为for循环中的每个样本运行此操作。类似的东西：

samples = ['sample01', 'sample02', 'sample03'...]
# creates a list of samples I want to input

# then  I want to do:
for x in samples:
    python2.7 calc_something.py --i inputfile.txt --s x  --p1 parameters --p2  para2 --o 'output_'+x

我怎么能在bash和python中做到这一点？哪一个有效？

Answer 1

很简单：

for item in  sample01 sample02 sample03 ... 
do
    python2.7 calc_something.py --i inputfile.txt --s "$item"  --p1 parameters --p2  para2 --o "output_${item}"
done