Question

我无法在ShinyApp中实现renderImage。在某些时候，我启动一个函数，在脚本目录中生成3个png文件。我无法找到renderImage函数是否可以处理多个图像。另外，我发现renderImage不会在脚本目录中搜索，而是在另一个临时文件目录中搜索。我该如何解决这个问题？

以下是相关代码：

observe({
if (input$startkegg != 0) { # referecne to an actionButton "Start"

  kegg <- reactive({ enrichKEGG(entrezIDs() ,pAdjustMethod="fdr", pvalueCutoff=input$keggp, qvalueCutoff=input$keggq)}) # Some bioinformatics stuff

  output$enrichKegg <- renderImage({
    width  <- session$clientData$output_enrichKegg_width
    height <- session$clientData$output_enrichKegg_height
    outfile <- tempfile(fileext='.png')

    png(outfile)
    pathview(gene.data=entrezIDs(), pathway.id=as.matrix(summary(kegg())[1])[1:3],species = "hsa", limit=3) # The function wich generates a image with the output of the previous instruction.
    dev.off()

    list(src = outfile,
         width = width,
         height = height,
         alt = "plotGoGraph")
  }, deleteFile = FALSE)
}

}）

我几乎设法以“脏”方式解决问题，使用标签$ img和renderUI，但为此我必须在'www'子文件中移动图像，而我的'system'命令不起作用：

observe({
    if (input$startkegg != 0) {

        kegg <- reactive({ enrichKEGG(entrezIDs(), pAdjustMethod=input$adjmk, pvalueCutoff=input$keggp, qvalueCutoff=input$keggq)})
        pathview(gene.data=entrezIDs(), pathway.id=as.matrix(summary(kegg())[1])[1:3],species = "hsa", limit=3)
        system("copy hsa04060.pathview.png www")
        system("copy hsa04064.pathview.png www")
        system("copy hsa04668.pathview.png www")
        #Essayer de mettre la commande pathview dans un tempoutfile : un temp par pathview

        output$pathway1 <- renderUI({ tags$img(src="hsa04060.pathview.png", width="400px", height="247px") })
        output$pathway2 <- renderUI({ tags$img(src="hsa04064.pathview.png", width="400px", height="318px") })
        output$pathway3 <- renderUI({ tags$img(src="hsa04668.pathview.png", width="400px", height="273px") })

    }
})

R有光泽，renderImage / renderUI。如何处理目录和系统命令？

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