Question

我的问题与这篇文章有关：

Including a compiled module in module that is wrapped with f2py (Minimum working example)?

其中海报试图用f2py编译Fortran代码（Test.f90）并将其链接到预编译库（或者在我的情况下，对象，myex44f.o）。答案使我能够编译Fortran代码并生成python模块。

我的问题与上述海报问题的不同之处在于我的对象与PETSc相关联。当我尝试将我的f2py生成的库导入python时，我得到错误，它无法找到'VecDestroy'，一个PETSc子例程。我最近的尝试是：

f2py -c --fcompiler = gfortran -I。 myex44f.o ../../../Codes/third_party/petsc/include/petsc/finclude/petscdef.h -m test Test.f90

以下是代码Test.f90：

subroutine test  
USE petsctest  
call mainsub  
end subroutine test

从模块mainsub调用petsctest：

      module petsctest   !   Solves the linear system  J x = f
#include <petsc/finclude/petscdef.h>
      contains
      subroutine mainsub
      use petscksp; use petscdm
      Vec x,f
      Mat J
      DM da
      KSP ksp
      PetscErrorCode ierr
      call PetscInitialize(PETSC_NULL_CHARACTER,ierr)

      call DMDACreate1d(MPI_COMM_WORLD,DM_BOUNDARY_NONE,8,1,1,        &
     &  PETSC_NULL_INTEGER,da,ierr)
      call DMCreateGlobalVector(da,x,ierr)
      call VecDuplicate(x,f,ierr)
      call DMSetMatType(da,MATAIJ,ierr)
      call DMCreateMatrix(da,J,ierr)

      call ComputeRHS(da,f,ierr)
      call ComputeMatrix(da,J,ierr)

      call KSPCreate(MPI_COMM_WORLD,ksp,ierr)
      call KSPSetOperators(ksp,J,J,ierr)
      call KSPSetFromOptions(ksp,ierr)
      call KSPSolve(ksp,f,x,ierr)

      call MatDestroy(J,ierr)
      call VecDestroy(x,ierr)
      call VecDestroy(f,ierr)
      call KSPDestroy(ksp,ierr)
      call DMDestroy(da,ierr)
      call PetscFinalize(ierr)
      end

我得到的错误是：

import test Traceback（最近一次调用last）：ImportError中的文件“”，第1行：./ test.so：undefined symbol：vecdestroy _

有没有人有任何建议？非常感谢您提供给我的任何帮助。

更新我使用随PETSc示例提供的makefile生成了原始的myex44f.o对象。看一下链接线，我推断在编译f2py时我可能需要链接petsc库。我目前的尝试是：

f2py -c --fcompiler=gfortran -m test Test.f90 -I. myex44f.o -I/home/costoich/Documents/AFPWork/Codes/third_party/petsc/include -I/home/costoich/Documents/AFPWork/Codes/third_party/petsc/arch-linux2-c-debug/include -L/home/costoich/Documents/AFPWork/Codes/third_party/petsc/arch-linux2-c-debug/lib -lpetsc

这似乎是在编译步骤中正确链接（如果我只编写-lpetsc而没有编译器失败的路径）。但是，当我输入ldd test.so时，我得到：

linux-vdso.so.1 => (0x00007ffe09886000) libpetsc.so.3.7 => not found libgfortran.so.3 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgfortran.so.3 (0x00007fc315be5000) libc.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6 (0x00007fc31581b000) libquadmath.so.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libquadmath.so.0 (0x00007fc3155dc000) libm.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libm.so.6 (0x00007fc3152d3000) libgcc_s.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libgcc_s.so.1 (0x00007fc3150bc000) /lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x000055a3fad27000)

我需要两个使用链接标志Wl，rpath吗？ f2py似乎不明白这些。感谢您的任何意见。

分辨我发现了我的问题。我不能让f2py接受-Wl,rpath选项，但如果我定义环境变量LD_LIBRARY_PATH=/home/costoich/Documents/AFPWork/Codes/third_party/petsc/arch-linux2-c-debug/lib，一切都会成功。谢谢你的帮助。

Answer 1

@VladimirF，有一点。

看起来VecDestrou不在您正在使用的PETSC模块中。

在我的模块中需要以下部分PETSc。

#include <petsc/finclude/petscsysdef.h>
#include <petsc/finclude/petscvecdef.h>
! Optional
#include <petsc/finclude/petscdef.h>
#include <petsc/finclude/petscdm.h>
#include <petsc/finclude/petscvec.h> 
#include <petsc/finclude/petscvec.h90>  
#include <petsc/finclude/petscmat.h>
#include <petsc/finclude/petscmat.h90>
! might be not completed
! Or
use petscksp
use petscdm
use petscvec
use petscmat 
!might be not completed

如何将PETSc与Fortran一起使用here，我个人在该页面中选择2。大多数现有的PETSc示例也遵循选项2。

请让我澄清 I am not encouraging you to use include over use ，这就是我以前的做法。 PETSc文档中有一个使用Fortran模块的示例，例如here。所以你可以选择这些方法中的任何一个/或者两者都选择（请在那个例子中实现预处理器选项，PETSC_USE_FORTRAN_MODULES），但是仍然需要添加所需的模块取决于你使用的是什么。

在与PETSc链接的Fortran代码上使用f2py

1 个答案: