Question

我看到了这些帖子 GGally::ggpairs plot without gridlines when plotting correlation coefficient use ggpairs to create this plot

阅读后我能够实现这个hack https://github.com/tonytonov/ggally/blob/master/R/gg-plots.r，我的情节看起来像这样

我认为这是一个很好的结果，但我不能改变颜色。

MWE就是这个

library(ggally)

# load the hack
source("ggally_mod.R") 
# I saved https://github.com/tonytonov/ggally/blob/master/R/gg-plots.r as "ggally_mod.R"
assignInNamespace("ggally_cor", ggally_cor, "GGally")

ggpairs(swiss)

现在我要运行

ggpairs(swiss, 
 lower=list(continuous="smooth", wrap=c(colour="blue")),
 diag=list(continuous="bar", wrap=c(colour="blue")))

但颜色保持不变。是否有办法改变颜色，因为params不再工作了？

Answer 1

您没有正确使用wrap - see the vignette for details。同样对于对角线你现在必须使用函数barDiag（但是ggpairs给出非常有用的错误来告诉它）

因此，对于您的示例，我们可以更改较低点的colour 面板和下面栏的fill

library(GGally)
library(ggplot2)
ggpairs(swiss[1:3], 
        lower=list(continuous=wrap("smooth", colour="blue")),
        diag=list(continuous=wrap("barDiag", fill="blue")))

然而，由于光滑的颜色是硬编码的（见ggally_smooth），要更改它您需要定义自己要传递的函数的颜色。所以from here

my_fn <- function(data, mapping, pts=list(), smt=list(), ...){
              ggplot(data = data, mapping = mapping, ...) + 
                         do.call(geom_point, pts) +
                         do.call(geom_smooth, smt) 
                 }

# Plot 
ggpairs(swiss[1:4], 
        lower = list(continuous = 
                       wrap(my_fn,
                            pts=list(size=2, colour="red"), 
                            smt=list(method="lm", se=F, size=5, colour="blue"))),
                     diag=list(continuous=wrap("barDiag", fill="blue")))

以类似的方式，这里有一种定义新的上相关函数的方法（类似于你所拥有的）

cor_fun <- function(data, mapping, method="pearson", ndp=2, sz=5, stars=TRUE, ...){

    data <- na.omit(data[,c(as.character(mapping$x), as.character(mapping$y))])

    x <- data[,as.character(mapping$x)]
    y <- data[,as.character(mapping$y)]

    corr <- cor.test(x, y, method=method)
    est <- corr$estimate
    lb.size <- sz* abs(est) 

    if(stars){
      stars <- c("***", "**", "*", "")[findInterval(corr$p.value, c(0, 0.001, 0.01, 0.05, 1))]
      lbl <- paste0(round(est, ndp), stars)
    }else{
      lbl <- round(est, ndp)
    }

    ggplot(data=data, mapping=mapping) + 
      annotate("text", x=mean(x), y=mean(y), label=lbl, size=lb.size,...)+
      theme(panel.grid = element_blank())
  }


ggpairs(swiss, 
        lower=list(continuous=wrap("smooth", colour="blue")),
        diag=list(continuous=wrap("barDiag", fill="blue")),
        upper=list(continuous=cor_fun))

Answer 2

您可以使用wrap() as explained here修改GGally函数的某些参数。但并非所有参数都以wrap的名称命名。例如，如果您尝试使用wrap内的手动色阶更改默认调色板，则可能会出现Error in wrap("cor",…) all parameters must be named arguments之类的错误。在这种情况下，您可以构建custom functions以生成适合矩阵图的上部，下部或对角线部分的任何类型的ggplot对象。

但是，如果您想要更改某些参数（未在GGally函数中命名为wrap ped）而没有创建自定义函数来设计ggplot对象，则会有一个（更安全）的快捷方式。您只需在函数调用中调用已存在的GGally函数，添加额外的ggplot参数。例如，要为三个类别（在新列swiss $ groups中）提供手动缩放颜色：

swiss$groups <- gl(n = 3, k = 1, length = nrow(swiss), labels = c("A", "B", "C"))

ggpairs(swiss, mapping = aes(colour = groups), columns = 1:6,
    upper = list(continuous = function(data, mapping, ...) {
         ggally_cor(data = data, mapping = mapping, size = 2) + scale_colour_manual(values = c("black", "dark green", "red"))}),
    lower = list(continuous = function(data, mapping, ...) {
         ggally_smooth(data = data, mapping = mapping, alpha = .2) + scale_colour_manual(values = c("black", "dark green", "red"))}),
    diag = list(continuous = function(data, mapping, ...) {
         ggally_barDiag(data = data, mapping = mapping, alpha = .5) + scale_fill_manual(values = c("black", "dark green", "red"))}))

现在，不推荐使用params，更改ggpairs中的颜色

2 个答案: