如何控制提交网格作业时使用的Perl版本?

时间:2010-09-23 08:02:06

标签: perl bash grid perlbrew sungridengine

我正在使用SGE(Sun Grid Engine)向网格提交作业。我还使用perlbrew来管理我安装的Perl版本。 我写了一些简短的sh脚本,用于运行perl脚本,需要特定的Perl版本(5.12.2),如下所示:

#!/bin/bash
#$-S /bin/bash

source /home/dave/.bash_profile
/home/dave/perl5/perlbrew/bin/perlbrew switch perl-5.12.2

/home/dave/scripts/proc_12.pl --in=/home/dave/in/in.store --dir=/home/dave/in/dir2 --params=/home/dave/in/params.p

现在,当我提交一份工作时,一切正常,但是当我提交很多时,我开始收到perlbrew相关的错误消息,例如:

ln: creating symbolic link `current' to `perl-5.12.2': File exists
ln: creating symbolic link `/home/dave/perl5/perlbrew/bin/cpan' to `/home/dave/perl5/perlbrew/perls/current/bin/cpan': File exists
ln: creating symbolic link `/home/dave/perl5/perlbrew/bin/cpan2dist' to `/home/dave/perl5/perlbrew/perls/current/bin/cpan2dist': File exists
ln: cannot remove `/home/dave/perl5/perlbrew/bin/cpanp': No such file or directory
ln: cannot remove `/home/dave/perl5/perlbrew/bin/enc2xs': No such file or directory
ln: cannot remove `/home/dave/perl5/perlbrew/bin/find2perl': No such file or directory

所以我猜/home/dave/perl5/perlbrew/bin/perlbrew switch perl-5.12.2行造成了问题。

我该怎么办?

如何使用perl-5.12.2(默认值为5.8.8)运行脚本?

2 个答案:

答案 0 :(得分:4)

我建议不要使用perlbrew。它并没有真正给你那么多的价值,它只会让你对你正在使用的perl产生混淆。 perlbrew确实假设同时运行的所有内容都同意他们应该使用哪个perl。我认为这只是一个令人头痛的秘诀,因为不同的程序开始从你身下转换出perls,也许在你有机会使用你认为你切换到的perl之前。

只需安装你想要的perls并调用你想要的那个。

 $ perl5.12.2 /home/dave/scripts/proc_12.pl ...

例如,要安装一个perl,你只需从源代码树(使用你想要的任何前缀)运行:

 $ ./Configure -des -Dprefix=/usr/local/perls/perl-5.12.2
 $ make install

然后我使用make_links脚本为所有已安装的perls创建符号链接。当我想使用Perl 5.12.2时,我只使用〜/ bin / perl5.12.2。我永远不必切换perls。当我想安装Perl模块时,我使用cpan:

 cpan5.12.2 Some::Module

我从不确定我正在使用什么版本,并且在移动符号链接时没有竞争条件。

答案 1 :(得分:3)

我不建议将perlbrew switch perl-5.12.2放在您运行的任何脚本中。它实际上仅用于命令行使用。

如果您需要一个脚本来使用特定版本的Perl,那么请在shebang上为其提供完整的perlbrew路径:

#!/home/dave/perl5/perlbrew/perls/perl-5.12.2/bin/perl

use 5.012;
use warnings;
...

然后确保其可执行文件并按如下方式运行:

chmod +x your_perl_program.pl
./your_perl_program.pl

或者在脚本中使用perl二进制文件的完整路径名:

#!/bin/bash

/home/dave/perl5/perlbrew/perls/perl-5.12.2/bin/perl your_perl_program.pl


顺便说一句,如果您在脚本或perl程序中运行任何不合格的内容,您将面临潜在的生产和安全问题。例如:

#!/bin/sh

# security risk
perl some_script.pl

# and not just perl
tar cvf archive.tar *.txt

# production risk
/home/dave/perl5/perlbrew/bin/perl some_other_script.pl

前两个是不好的,因为它会拿起第一个perl& tar它会在你的路径中找到。因此,这取决于$PATH设置,这可能会成为安全风险。最后一个也不好,因为它依赖于perl perlbrew当前在其运行时切换到的内容:(

这样做可能是潜在的生产和安全噩梦。相反,上面应该写成:

#!/bin/sh

# fully qualified now.  Uses OS provided perl
/usr/bin/perl some_script.pl

# ditto
/usr/bin/tar cvf archive.tar *.txt

# this needs to run in perl 5.12.2
/home/dave/perl5/perlbrew/perls/perl-5.12.2/bin/perl some_other_script.pl

希望一切都有意义吗?