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如果输入字符串可以是相当长的，或者性能完全是一个问题，那么解决这个问题的一个更好的方法不是使用正则表达式，而是使用更复杂的字符串数据结构来促进这些类型查询更有效率。

这样的数据结构是suffix tree。给定字符串S，其后缀树基本上是其所有后缀的Patricia trie。尽管看似复杂，但它可以在线性时间内构建。

"BANANA"的后缀树（由维基百科提供）

您可以使用后缀树真正有效地执行多种查询，例如：找到子串的所有出现，最长的子串至少出现两次，等等。你所追求的字符串类型称为tandem repeats。为了便于此查询，您必须在线性时间内预处理后缀树，以便您可以在固定时间内进行lowest common ancestor次查询。

这个问题在计算生物学中很常见，其中DNA可以被视为由ACGT中的字母组成的非常长字符串。因此，性能和效率至关重要，并且设计了这些非常复杂的算法和技术。

你应该研究从头开始为你的二进制序列实现这些技术，或者更容易将二进制序列映射到“假的”DNA字符串，然后使用许多可用于基因研究的工具之一。