使用for循环使用qsub进行批处理作业提交

Question

我可以告诉我如何使用for循环来qsub文件进行批量作业提交吗？

目前，只有在我使用以下命令提交单个文件进行作业提交时，这才有效：

qsub -v /path/to/file.txt script.sh

但是，如果我使用以下命令运行for循环文件：

files=`pwd`/*pattern* (#This gives a list of files containing a certain common title)

for i in $files;
do
qsub -v $i script.sh
done

由于未提供file.txt的错误，这总是被拒绝。

我已经仔细检查了for循环中的$ i是否提供了正确的file.txt：

for i in $files;
do
echo $i
done

这很好。因此我不确定为什么qsub的for循环不起作用。我可以获得有关如何更改代码以使其工作的建议吗？

感谢。

Answer 1

使用-v要求您为变量命名：qsub -v filepath=$i script.sh，然后您可以使用script.sh访问$filepath内的文件路径。