Question

我有这段代码几个月前正在运行，但现在已经不行了。我改变了目录，但数据是一样的。

我的问题是永远不会保存缓存。我尝试了不同的方法：dep_prev（），dep_auto（）+ autodep或者依赖和不同的调试方法，但似乎没有任何工作。计算仍在每次运行时执行，缓存文件夹中没有任何内容。出现的另一个问题是我的数据不再出现在我的pdf文件中。它们在执行R代码时弹出，但它们没有保存（问题可能与缓存问题有关）。

在我的代码中，我在第一个块中设置了所有内容，然后我不在以下块中添加任何选项。这是我的第一个块的代码：

<<setupKnitr, include=FALSE, cache=FALSE>>=
library(knitr)

## set global chunk options
opts_chunk$set(fig.path='figures_knitR/', cache.path='cache/', fig.align='center', fig.show='asis', par=TRUE, tidy = TRUE, cache = TRUE, autodep=T, fig.keep='all', dev='tikz', echo = TRUE, eval = TRUE)

opts_knit$set(output.dir = getwd())
dep_auto() 

options(formatR.arrow=TRUE, width=68, digits=4)
options(tikzDefaultEngine = 'pdftex')
@

在查看dep_auto函数时，我发现了一些奇怪的东西：它使用了我的R会话中未知的函数valid_path和parse_objects，这可能是导致问题的原因。而且我找不到它们来自的包裹。

这是我的sessionInfo

> sessionInfo()
R version 3.2.0 (2015-04-16)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu precise (12.04.5 LTS)

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods  
[7] base     

other attached packages:
[1] jerdev_0.1   knitr_1.10.5

loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_3.2.0 tcltk_3.2.0

非常感谢你的帮助！

KnitR：缓存和数字问题

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