Question

我有一个文件，我正在寻找一个模式＆＃34; N＆＃34;仅在偶数行上。当一行匹配时，我想保留上下文 - 它上面的奇数行。

我理解如何保持上下文using -A, -B, -C，但模式＆＃34; N＆＃34;也可能匹配奇数行，所以我能想到解决问题的唯一方法是在使用grep之前分离偶数行和奇数行，从而删除上下文。

有没有办法做到这一点，而不必提取与grep匹配的行号，然后在事后获取文件中的那些特定行？我怀疑我可以用awk做到这一点，但我不确定。

我正在尝试优化我认为已经有效的代码，因为它将处理的文件非常庞大，需要数小时才能运行。

我试图找到其中包含＆＃34; N＆＃34;的任何DNA序列，并将它们放在一个文件中，以及任何不具有＆＃34的序列; N＆＃34;在其中，并将它们放在另一个文件中。然而，ID行也可以具有＆＃34; N＆＃34; s。我希望ID行保持连接到新文件中它上面一行中的每个序列。

示例输入：

>100000|NODE_2_length_277_cov_4.245487
ATCTTTTAACCCCAAAAACTCAAGTATGTGAGCCAAGTGAACATAACTGCATAAATATCAGGCTCCAAAATAATCTACTGCTTGTTGTGTAGATATAGAGCACACAATTTCTTTTTTAAAGCCCTCCCTTTCACTCTCTCTATCCCACACCCAGAAAAACTCCTATTTAGAGAAAGCCACACCTATCACTAAGAGCAAACCAACCTTTCAAAAAAAAAAAAAAAACACATTAGGAGCAAACTGTTAGGAGCCATTCAAAACCAAAGGAAATGCCAAGACACACACACACACACACACACACAC
>100001|NODE_1_length_426_cov_11.427230
AAATATATAAAAAACCTGTGTTGTGACAACAGGTTGAGAAGTAATGAGAAAATGGACGAATTAGTTCAGGATGTCTCAAAGCAGATTTCTTTCCACTTAATCTCGATGTCCTACGAAAATGCTGACTTAGGTTGTAGTTTATGTTTCTTAGATTCCAATATTTTAAAATGGCCCTTGAAATTATATTAAAAAGCTCATGAACAAGTGCATAATCAATGATAAATGAATATTTATGGTTGAGATTTGGGAATTATTAATCAATATACCTCTATACTCTTGGCTCTCTTGAAGTTTAATTCAAGTGTATTTAATTAGATTCCTACCCCAAATCAACTTTAAGAAGGCTGCTTTTCTTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCG

Answer 1

使用awk：

seq 10 | 
awk -v pattern='[26]' '
  FNR % 2 == 1 {odd = $0}
  FNR % 2 == 0 && $0 ~ pattern {print odd; print}
'

使用您的示例输入：

awk  '
  FNR % 2 == 1 {odd = $0}
  FNR % 2 == 0 {
    if (/N/) 
      file = FILENAME ".with_N"
    else 
      file = FILENAME ".no_N"
    print odd > file
    print     > file
  }
' myfile

Answer 2

键击次数较少的另一种解决方案是

awk '!(NR%2) && /N/ {print p; print}{p=$0}'

!(NR%2)成语用于挑选偶数行; 也保持前一行没有任何条件，因为只打印匹配的行。

Grep只匹配特定的行，但保持上下文

2 个答案: