Question

显然，我们在名为Python/2.7.2的{{1}}环境中加载了一个包，其中包含CrossMap作为子包。当我启动此版本的python和tabix时，import tabix会显示：tabix表示它是从/hpcf/apps/python/install/2.7.2/lib/python2.7/site-packages/CrossMap-0.1.6-py2.7-linux-x86_64.egg/tabix/__init__.pyc加载的。现在，即使我CrossMap（在pip install pytabix目录中创建tabix.so文件），它仍然会访问site-packages版本。我甚至尝试使用CrossMap安装pytabix localling，但它仍会加载pip install --user pytabix版本。

如何将CrossMap指向import tabix文件而不是tabix.so的子包？

更新：即使在将CrossMap移至'old_versions'目录后，当我尝试加载CrossMap时，它仍然会遇到另一个包含tabix作为子包的包。当我tabix然后运行import tabix时，我从tabix获得了一个pysam包，即使我在RSeQC-2.6.1主目录中有pytabix个自己的包。 site-packages包也会发生同样的事情。这里有什么想法吗？

Answer 1

您可以在python版本的.pth文件夹中使用site-packages文件为用户手动排序sys.path。 easy_install使用此功能将鸡蛋内容添加到您的路径中。

Answer 2

您可以尝试将pytabix安装到不同的文件夹pip install --target="/path/to/your_new_path" pytabix，并将此新路径添加到sys.path：

import sys sys.path.insert(0, "/path/to/your_new_path")

然后导入import your_new_path.tabix

Answer 3

您似乎需要将pytabix放在sys.path中较早出现的目录中，或者将CrossMap移动到路径下方的目录中。

我喜欢偏爱pytabix的概念。如果你能：

修改shell的系统配置文件（/etc/bash.bashrc），使其包含如下内容：export PYTHONPATH=$HOME/stuff/onpythonpath
使用pip install --target="$HOME/stuff/onpythonpath" pytabix

修改系统范围的配置文件应该在sys.path。{/ p>中尽早放置新路径

更喜欢pytabix的另一种方法是将其安装在可编辑模式下。在我的系统中，它具有将新安装的软件包放在sys.path中的第一个作用：

例：之前的路径（包括通过在配置文件中导出PYTHONPATH而添加的“onpythonpath”）：

 ['',
  '/usr/local/bin',
  '/home/keith/devel/onpythonpath',
  '/usr/lib/python2.7',
  '/usr/lib/python2.7/plat-x86_64-linux-gnu',
  '/usr/lib/python2.7/lib-tk',
  '/usr/lib/python2.7/lib-old',
  '/usr/lib/python2.7/lib-dynload',
  '/usr/local/lib/python2.7/dist-packages']

现在运行后：

pip install -e git+https://github.com/slowkow/pytabix.git@40e7a78ba6fdfbf72a25da718f530e7c1bad389e#pytabix

这是我的路径：

['',
 '/usr/local/bin',
 '/home/keith/src/pytabix',
 '/home/keith/devel/onpythonpath',
 '/usr/lib/python2.7',
 '/usr/lib/python2.7/plat-x86_64-linux-gnu',
 '/usr/lib/python2.7/lib-tk',
 '/usr/lib/python2.7/lib-old',
 '/usr/lib/python2.7/lib-dynload',
 '/usr/local/lib/python2.7/dist-packages']

Answer 4

导入任何模块时，它首先查找当前目录，之后，它开始查看系统路径，按照它们的外观顺序（按时间顺序），检查使用：

import sys 
print sys.path

所以，初学者的方法是交换列表元素，并在第0个索引处放置我们需要首先导入的路径，（交换列表）为了理解这个概念，可以做到以上几点。（从来没有一个真正的实施方法）

或者如果您可以在导入之前附加路径

import sys
# the PackageFolder dir contains foo.py, bar.py 
sys.path.append('/foo/bar/PackageFolder')

from foo import ChocolateClass
from bar import RunClass,WalkClass

更好的方法是指定要从中导入模块的路径：

import bar
foo = bar.load_source('module.name', '/path/to/file.py')
foo.MyClass()

编译的Python文件和DLL有相同的便利功能。对于Python 3.3+，不幸的是，这涉及更多：

import importlib.bar
loader = importlib.bar.SourceFileLoader("module.name", "/path/to/file.py")
foo = loader.load_module()
foo.MyClass()

希望这有帮助。

Answer 5

我建议你为你的项目使用virtualenv。 Virtualenv是避免命名空间污染和像你一样的争论的绝佳方法。

要调试您不知道特定模块隐藏位置的情况，您可以尝试在交互式Python shell中导入特定模块并打印模块的__file__属性。但是，在所有情况下都不起作用，例如压缩模块，但可以帮助您入门。

Answer 6

据我所知，解决此问题的最简洁方法是由虚拟机管理程序（如Vagrant）提供的完全隔离，而不是virtualenv提供的部分隔离。

我不知道您是否熟悉virtualenv，但问题在于它只提供了python级别的隔离。对于依赖于系统库的python包，只隔离这些包的python级部分。 tabix和pysam似乎都有系统级依赖关系。因此，在没有安装CrossMap的情况下创建干净的虚拟环境可以解决问题。

这对你来说是否真的是一个可行的解决方案是另一回事。我只是觉得我提出了我的两分钱，因为其他提议的解决方案似乎并不适合你。我个人觉得这对你的问题更好更清洁，而不是搞乱sys.path或手动设置模块指向某些文件。

Vagrant非常容易设置，并且是一个非常简单的方法，让整个团队在同一个环境中工作，使用他们习惯的主机上自己的工具。有关详细信息，请参阅http://docs.vagrantup.com/v2/getting-started/index.html。

如何防止python加载'错误'包？

6 个答案: