Question

当我运行程序时，我得到的所有内容都应尽可能地输出q，但应该由q创建的.mafft将返回空白状态。编辑：我忘了问实际的问题。我在这做错了什么？这是我不知道的一些语法吗？

#!/usr/bin/python
import sys
import os
import math

data = sys.argv[2]
b = sys.argv[1]

bfile = open(b, "r")
for barcode in bfile:
        barcode = barcode.strip()
        print "barcode: %s" %barcode
        outfname = "%s.%s.fasta" % (data, barcode)
        print outfname
        outf = open(outfname,"w")
        handle = open(data, "r")
        for line in handle:
                linearr = line.split()
                sid = linearr[0]
                seq = linearr[1]
                potential_barcode = seq[0:len(barcode)]
                if potential_barcode == barcode:
                        outseq = line.replace(potential_barcode, "", 1)
                        newseq = outseq.split(' ',1)[-1].strip()
                        sys.stdout.write(newseq)
                        outf.write(">%s\n%s\n" % (sid,newseq))
        gamma = outfname + ".mafft"
        delta = gamma + ".stock"

        q =  "mafft %s > %s" % (outfname, gamma)
        os.system(q)

        qq = "fasta_to_stockholm %s > %s" % (gamma, delta)
        os.system(qq)

        qqq = "quicktree -out m %s" % (delta)
        os.system(qqq)

        handle.close()
        outf.close()
bfile.close()

Answer 1

与使用os.system()而不是subprocess无关。问题是您在运行程序之前没有关闭outfname文件。将关闭移至之前 os.system()来电：

    handle.close()
    outf.close()

    gamma = outfname + ".mafft"
    delta = gamma + ".stock"

    q =  "mafft %s > %s" % (outfname, gamma)
    os.system(q)

mafft（outfname）的输入文件为空，因为缓冲区尚未刷新，您正在遭受缓冲＆＃34;。

我会考虑每个人对使用subprocess所说的内容，但是之后你会得到这个！只改变一件事！

os.system（）的问题没有生成输出

1 个答案: