在R中创建多项Logistic回归的校准图和ROCR

时间:2015-01-15 02:32:34

标签: r ruby-on-rails-3.2 ruby-on-rails-3.1

我正在使用多项功能来预测孕妇自发分娩(结果= 0),经历胎儿窘迫(结果= 1)或经历非进行性分娩(结果= 2)的机会基于许多预测变量(连续的和绝对的)。

最终模型看起来像这样

model <- multinom(Outcome ~  Gestational_age + Previous_CS + Fetal_Gender + diabetes + Birth_weight, data=sm)

孕龄和出生体重是连续变量,但其他如前剖腹产,胎儿性别和糖尿病是分类变量。如何使用参考水平考虑到这一点?

另外,我想创建两个单独的校准图来评估最终模型在预测结果1和2的风险方面有多好,但我不确定预测函数的工作原理。我有这样的事情但对我来说并没有多大意义。

p.fit <- predict(model, sm$Outcome, type='probs')
probabilities<-data.frame(sm$Outcome1,p.fit)
plsmo(p.fit, sm$Outcome1, datadensity=T, xlab="predicted probability" ylab="observed proportion")
abline(0,1, col="red")

最后我需要绘制ROCR

1 个答案:

答案 0 :(得分:0)

没有你的数据集,我会尝试一下:

library('ROCR')
pred  <-  ROCR::prediction(predict(model),factor(sm$outcome))
plot(ROCR::performance(pred, measure="tpr" , x.measure="fpr"),
    xlab='False Positive Rate',
    ylab='True Positive Rate')
# in case you want the Area under the ROC curve (AUC)
(AUC <- (attributes(ROCR::performance(pred, measure="auc"))$y.value[[1]][[1]][1]))