Question

我有一个R脚本，可以在一条染色体上进行分析。我想为每条染色体重复运行这个脚本（1-22，X和Y）。现在我将脚本设置为从命令行接受一个参数，即染色体编号。我想并行地向我的服务器提交多个作业，因为对一条染色体的分析需要几个小时。在玩了一些选项并搜索了所有内容后，我仍然不确定最佳选择是什么，因为我从未向服务器（Sun Grid Engine服务器）并行提交作业。我查看了GNU parallel，但我不确定如何使用它，或者它是否运行R脚本。也许把所有内容都放在shell脚本中并将其提交给服务器？这是一个非常基本的问题，但任何方向都将非常感谢！

Answer 1

parallel Rscript plot_LRR_BAF_chromosome_parallel ::: {1..22} X Y

Answer 2

使用带有选项-j的GNU make ，将R脚本中的__CHROM__替换为染色体名称。

chroms=1 2 3 4 5 6 7 8 9 10

define method1

$$(addsuffix .out,$(1)) : script.R
    cat $$< | sed 's/__CHROM__/$(1)/g' | R --nosave > $$@

endef

all: $(addsuffix .out,$(chroms))

$(foreach C, $(chroms),$(eval $(call method1, $(C) )))

使用命令行参数并行运行多个R脚本

2 个答案: