更改文件中的字符串字顺序

Question

我有一个包含这种字符串的文件：

gene_1  1   181 +   1   01  15.2689 b   -   -   -
gene_2  220 300 -   0   01  0.649993    b   -   -   -
gene_1  1   295 -   0   10  16.1465 b   -   -   -
gene_1  39  278 +   0   11  13.4122 b   28  33  -0.698805
gene_1  1   133 -   0   10  13.9421 p   139 144 0.493777

我需要在第五列（0和1）内更改第四列（带有+和 - 的列）以获得下一列：

gene_1  1   181 1   +   01  15.2689 b   -   -   -
gene_2  220 300 0   -   01  0.649993    b   -   -   -
gene_1  1   295 0   -   10  16.1465 b   -   -   -
gene_1  39  278 0   +   11  13.4122 b   28  33  -0.698805
gene_1  1   133 0   -   10  13.9421 p   139 144 0.493777

任何想法？

Answer 1

您可以按字符串读取文件，并按空格分割每一行：

your_rearranged_lines = []

with open("yourFile") as file:
    for line in file:
        splitLine = line.split()
        # stores the first three tokens as normal, switches the fourth and fifth,
        # and stores the remaining tokens as normal
        rearranged_line = splitLine[0:4] + splitLine[4] + splitLine[3] + splitLine[4:]
        your_rearranged_lines.append(rearranged_line)

实质上，此代码使用python的slicing syntax。根据上面的例子，这假定了两件事：

1. 您的文件中没有任何包含必要空格的令牌（例如“gene 56”）
2. 您的文件（将每个短划线计为一个标记）每行至少有五个标记。

如果前者不是真的，你将拆分应该作为单个项目的令牌，如果后者不成立，你将遇到超出范围的异常。