Question

我有一个函数，我在其中使用：strs在键上破坏地图。我可以很容易地破坏字符串（每个下面），然后单独解析字符串到整数（未显示），但我正在寻找一种更简洁的方式 - 最好在使用：strs

的赋值中

任何建议都会受到赞赏 - 也可以随意评论其他功能，我很乐意学习。

(def t1 ["chr1" "85742012"  "." "G" "C" "2383.75"   "PASS"  "AF=0.993671;AO=157;DP=158;FAO=157;FDP=158;FR=.;FRO=1;FSAF=111;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0106874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.26;QD=60.3481;RBI=0.0173573;REFB=-0.0963825;REVB=0.0136769;RO=1;SAF=111;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00426731;STB=0.502242;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.000132517;OID=.;OPOS=85742012;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C"   "GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR" "1/1:9:158:158:1:1:157:157:0.993671:46:111:1:0:46:111:1:0"])

(defn extract-vcf-single
[vcf-row]
(let [[chrom posn id ref- alt- qual filt info dt-form-str dt-val-str] vcf-row
    dt-form (str/split dt-form-str #":")
    dt-val (str/split dt-val-str #":")
    dt (zipmap dt-form dt-val)
    {:strs [GT RO AO DP]} dt
    ;; R0, A0 and DP are all integers. Is there a neat way to parse them in the destruct? so I can do this?
    ;; LAF (if (> RO AO) (/ RO DP) (/ AO DP))
    ] {(str chrom "_" posn)[chrom posn GT DP]}))

我能做的最好的事情是;

(defn extract-vcf-single
[vcf-row]
(let [[chrom posn id ref- alt- qual filt info dt-form-str dt-val-str] vcf-row
    dt-form (str/split dt-form-str #":")
    dt-val (str/split dt-val-str #":")
    dt (zipmap dt-form dt-val)
    {:strs [GT RO AO DP]} dt
    [ROi AOi DPi] (map #(Integer. %) [RO AO DP])
    LAF (if (> ROi AOi) (/ ROi DPi) (/ AOi DPi))
    ] {(str chrom "_" posn)[chrom posn GT DPi LAF]}))

Answer 1

我会考虑创建一个函数，在地图中的特定值上应用函数，如下所示：

(defn multi-update
  [m ks f]
  (reduce (fn [acc k]
            (update-in acc [k] f))
          m
          ks))

之后，您可以先将特定值解析为整数，然后进行实际解构：

(let [{:strs [GT RO]} (multi-update {"GT" "2"
                                     "FOOBAR" "BAZ"
                                     "RO" "6"}
                                    ["GT" "RO"]
                                    #(Integer/parseInt %))]
  [GT RO])
;=> [2 6]

如何使用字符串键和解析来破坏地图 - 是否有一个整洁的（呃）方式？

1 个答案: