Bash：替换部分文件名

Question

我有一个命令，我想在文件夹的所有文件上运行，命令的语法如下所示：

tophat -o <output_file> <input_file>

我想要做的是一个循环遍历任意文件夹中所有文件的脚本，并使用输入文件名来创建类似但不同的输出文件名。文件名如下所示：

input name                desired output name
path/to/sample1.fastq     path/to/sample1.bam
path/to/sample2.fastq     path/to/sample2.bam

让输入工作似乎很简单：

for f in *.fastq
do
     tophat -o <output_file> $f
done

我尝试使用output=${f,.fastq,.bam}并将其用作输出参数，但这不起作用。我得到的只是一个错误：line 3: ${f,.fastq,.bam}: bad substitution。这是做我想做的事情的方式，还是我应该做别的事？如果这是正确的方法，我做错了什么？

[编辑]：

感谢所有答案！一个额外的问题，但是......如果我有这样的文件，请改为：

path/to/sample1_1.fastq
path/to/sample1_2.fastq
path/to/sample2_1.fastq
path/to/sample2_2.fastq
...

...我可以拥有任意数量的样本（sampleX），但所有样本都有两个与之关联的文件（_1和_2）。该命令现在看起来像这样：

tophat -o <output_file> <input_1> <input_2>

所以，仍然只有一个输出，我可以做一些像"${f/_[1-2].fastq/.bam}"这样的事情，但我不确定如何得到一个循环只能在每个sampleX上同时迭代一次同时取两个相关文件......想法？

[编辑＃2]：

所以，这是完成这个伎俩的最终剧本！

for f in *_1.fastq
do
        tophat -o "${f/_1.fastq/.bam}"  $f "${f/_1.fastq/_2.fasq}"
done

Answer 1

您可以使用：

tophat -o "${f/.fastq/.bam}" "$f"

<强>测试

f='path/to/sample1.fastq'
echo "${f/.fastq/.bam}"
path/to/sample1.bam

Answer 2

不是答案而是建议：作为生物信息学家，您应该使用 GNU make 及其选项-j (number of parallel jobs)。 Makefile将是：

.PHONY:all
FASTQS=$(shell ls *.fastq)

%.bam: %.fastq
    tophat -o $@ $<

all:  $(FASTQS:.bam=.fastq)

Answer 3

替代anubhava的简洁解决方案，

d=$(dirname path/to/sample1.fastq)
b=$(basename path/to/sample1.fastq .fastq)
echo $d/$b.fastq
path/to/sample1.fastq

tophat -o "$d/$b.fastq" "$f"