Question

我对R有些新意，请原谅我的基本问题。

我在完整数据集上执行CCA（358个站点，40个非生物参数，100个物种观察）。

library(vegan)
env <- read.table("env.txt", header = TRUE, sep = "\t", dec = ",")
otu <- read.table(otu.txt", header = TRUE, sep = "\t", dec = ",")
cca <- cca(otu~., data=env)
cca.plot <- plot(cca, choices=c(1,2))
vif.cca(cca)
ccared <- cca(formula = otu ~EnvPar1,2,n, data = env)
ccared.plot <- plot(ccared, choices=c(1,2))
orditorp(ccared.plot, display="sites")

这样可以在第一列中不使用样本名称（最初，包含数字样本名称的第一列被解释为变量，所以我使用没有该信息的表。当我通过orditorp向地图添加网站名称时，它给出了情节中的“row.name = n”。）但是，我想使用我的示例名称。我在两个表上尝试了row.names = 1，其中包含样本名称信息：

envnames <- read.table("envwithnames.txt", header = TRUE, row.names=1, sep = "\t", dec = ",")
otunames <- read.table("otuwithnames.txt", header = TRUE, row.names=1, sep = "\t", dec = ",")

和 env / otu / envnames / otunames 的任意组合。 cca在任何情况下运作良好，但任何情节命令都会产生

plot.ccarownames <- plot(cca(ccarownames, choices=c(1,2)))
Error in rowSums(X) : 'x' must be numeric

我的第二个问题与此有关：358个网站分为6组（4x60,2x59）。完整矩阵将此信息推断为额外列。由于我无法解决行名称问题，无论如何我更加坚持使用名义数据。原始矩阵包含第一列（样本名称，数字，但可以很容易地转换为名义）和第二列（组标识，名义），然后是生物观察。

我想拥有什么：

包含所有六个群组的CCA，每个群组着色网站。
仅包含一组数据的CCA（无手册）构建个人输入表）
使用原始样本名称的CCA图。

任何帮助表示赞赏！真的，自昨天上午以来我一直坚持：/

Answer 1

我自己使用素食主义者的cca（）并且我有一些你自己的问题，但是我至少能够解决你原来的“行名”问题。我正在对41种土壤的数据进行CCA分析，共有334种和39种环境因子。在我的情况下，我使用

rownames(MyDataSet) <- MyDataSet$ObservationNamesColumn

（为了示例，我使用了默认名称，例如MyDataSet）然而，我仍然有环境因素，而不是数字（如土壤质地）。您可以尝试检查非数字因子，以防原始数据集中出现错误，或者出于任何其他原因而未被解释为数字的非生物因子。要做到这一点，您可以使用命令str(MyDataSet)来告诉您每个变量的性质，或者lapply(MyDataSet, class)也可以告诉您相同但在不同的输出中。

如果您的非生物因素不是数字（再次，如纹理）并且您想要删除它们，您可以通过仅使用数值变量创建一个全新的数据集（您仍将保留您的观察名称）因为它们被定义为行名称，所以这很容易做到，可以使用类似的东西来完成：

MyDataSet.num <- MyDataSet[,sapply(MyDataSet, is.numeric)]

这将创建一个新数据集，该数据集与原始行具有相同的行，但只包含具有数值的列（变量）。然后，您应该可以使用这个新数据集继续工作。

我对R编程和统计学都很新（我是微生物学家），但我希望这有帮助！

cca per groups和row.names

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