Question

我的文件看起来像这样

Tree:0,pos:0,len:2.29276,TMRCA:0.795328,ARG:,len:2.29276,TMRCA:0.795328
NEWICK_TREE:    [169]((2:0.147398,(6:0.136844,(((9:0.00903981,4:0.00903981):0.084126,5:0.0931658):0.0077254,(7:0.0053182,8:0.0053182):0.095573):0.0359525):0.0105546):0.647929,(0:0.199142,(1:0.0103058,3:0.0103058):0.188836):0.596186);
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Tree:1,pos:0.0169589,len:2.28476,TMRCA:0.795328,ARG:,len:2.28476,TMRCA:0.795328
NEWICK_TREE:    [303]((2:0.147398,((6:0.00230499,1:0.00230499):0.134539,(((9:0.00903981,4:0.00903981):0.084126,5:0.0931658):0.0077254,(7:0.0053182,8:0.0053182):0.095573):0.0359525):0.0105546):0.647929,(0:0.199142,3:0.199142):0.596186);
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iHistoryMax: 2
Tree:3,pos:0.0539094,len:2.96385,TMRCA:0.795328,ARG:,len:2.96385,TMRCA:0.795328
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iHistoryMax: 3

然而，我唯一需要的是每个树的位置（在树的行中：1，pos），输出应该只是在3列（或更多）的1列中后跟pos的数字。树线的位置并不总是在每个3行中，因为它们之间的部分可以改变长度。这可以在bash中完成吗？

Answer 1

将awk与:和,的分隔符一起使用，然后打印所需的字段。例如，这将打印Tree和pos数字：

awk -F[:,] '/^Tree:/{print $2,$4}' file

Answer 2

将grep与-P

一起使用

grep -Po "(?<=Tree.*pos:)[0-9.]+" file

0
0.0169589
0.0472255
0.0539094

Grep文件中的特定行

2 个答案: