我正在尝试使用Bioconductor类中的hgu95av2.db和GO.db库。
我有一个基因名单。
Genename1
Genename2
Genename3
这些是来自genedb的标准基因名称。
我现在想要获得与之关联的相关go.ids。我希望将来使用此信息来存储数据。
我试图通过annotationapi帮助文件,他们说获取ID的一种方法是使用此api,如下所示:
select(hgu95av2.db, keys=keys, cols=c("GO"),
keytype="GENENAME")
我不确定如何设置密钥。 我是否只使用键列表设置了一个列对象。
当我尝试执行并运行上面的命令时,我收到以下错误:
.testIfKeysAreOfProposedKeytype(x,keys,keytype)出错: 输入的密钥均不是指定密钥类型的有效密钥。
我玩过keytype并且总是得到同样的错误,这让我觉得我从根本上不了解如何使用这个数据库查询工具。
我在bioconductor中进行了搜索,他们只是假设我有一个以affy矩阵格式表达的数据,我只有一个基因名列表。
我很感激你的帮助和道歉,因为我是一个新手,并且在R bioconductor界面上并不是很清楚。
非常感谢