Question

我不知道为什么我不能再将R脚本用于igraph之前。如果你能帮助我，我真的很感激。我在这里使用的脚本是：

library（igraph）

矩阵1＆LT; -as.matrix（数据）

矩阵1

     var1 var2 var3 var4 var5 var6 var7 var8
[1,] 1.00 0.04 0.21 0.39 0.06 0.37 0.03 0.44
[2,] 0.04 1.00 0.34 0.36 0.63 0.25 0.66 0.18
[3,] 0.21 0.34 1.00 0.44 0.41 0.57 0.72 0.62
[4,] 0.39 0.36 0.44 1.00 0.28 0.14 0.51 0.10
[5,] 0.06 0.63 0.41 0.28 1.00 0.50 0.73 0.39
[6,] 0.37 0.25 0.57 0.14 0.50 1.00 0.50 0.65
[7,] 0.03 0.66 0.72 0.51 0.73 0.50 1.00 0.52
[8,] 0.44 0.18 0.62 0.10 0.39 0.65 0.50 1.00

graph.adjacency（矩阵1，模式= '无向'，加权= TRUE）

“然后我收到错误消息”

d [i，]出错：尺寸数不正确   警告：'。呼叫'中的堆栈不平衡，51然后是50

以下更多信息：

> str(matrix1)
 num [1:8, 1:8] 1 0.04 0.21 0.39 0.06 0.37 0.03 0.44 0.04 1 ...
 - attr(*, "dimnames")=List of 2
  ..$ : NULL
  ..$ : chr [1:8] "var1" "var2" "var3" "var4" ...

> sessionInfo()
R version 3.0.2 (2013-09-25)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)

locale:
[1] LC_COLLATE=English_Australia.1252  LC_CTYPE=English_Australia.1252   
[3] LC_MONETARY=English_Australia.1252 LC_NUMERIC=C                      
[5] LC_TIME=English_Australia.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] igraph_0.6.5-2

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] colorspace_1.2-4   dichromat_2.0-0    digest_0.6.3       ggplot2_0.9.3.1   
 [5] grid_3.0.2         gtable_0.1.2       labeling_0.2       lattice_0.20-23   
 [9] MASS_7.3-29        Matrix_1.0-14      mgcv_1.7-26        munsell_0.4.2     
[13] nlme_3.1-111       plyr_1.8           proto_0.3-10       RColorBrewer_1.0-5
[17] reshape2_1.2.2     scales_0.2.3       stringr_0.6.2      tools_3.0.2    

> traceback()
4: c(list(), list(logical(0)))
3: .Call("R_igraph_weighted_adjacency", adjmatrix, as.numeric(mode), 
       weighted, diag, PACKAGE = "igraph")
2: graph.adjacency.dense(adjmatrix, mode = mode, weighted = weighted, 
       diag = diag)
1: graph.adjacency(matrix1, mode = "undirected", weighted = TRUE)

谢谢！

Answer 1

对于igraph 0.6.5-2，R 3.0.1，OSX Lion，以下版本对我来说很好，所以请包含一些自包含代码以重现您的问题，还有您的igraph和R版本和平台。感谢。

matrix1 <- as.matrix(read.table(header=TRUE, textConnection("
 var1 var2 var3 var4 var5 var6 var7 var8
 1.00 0.04 0.21 0.39 0.06 0.37 0.03 0.44
 0.04 1.00 0.34 0.36 0.63 0.25 0.66 0.18
 0.21 0.34 1.00 0.44 0.41 0.57 0.72 0.62
 0.39 0.36 0.44 1.00 0.28 0.14 0.51 0.10
 0.06 0.63 0.41 0.28 1.00 0.50 0.73 0.39
 0.37 0.25 0.57 0.14 0.50 1.00 0.50 0.65
 0.03 0.66 0.72 0.51 0.73 0.50 1.00 0.52
 0.44 0.18 0.62 0.10 0.39 0.65 0.50 1.00
")))

graph.adjacency(matrix1, mode='undirected', weighted=TRUE)
# IGRAPH UNW- 8 36 -- 
# + attr: name (v/c), weight (e/n)

Answer 2

我需要删除所有对象。

输入rm(list=ls())。

然后，我上面使用的R脚本应该可以工作。

igraph - 维数不正确警告：堆栈不平衡

2 个答案: