Question

我有一个问题，对我来说似乎太奇怪了。

我有这个新树：

(((637,5250,607,14782)6942,641)6441)0;

当我尝试使用ETE读取它时：

t=Tree("(((637,5250,607,14782)6942,641)6441)0;", format=8)

一切正常，但现在我想让它分叉，所以新树应该是这样的：

(((((637,5250),607),14782)6942,641)6441)0;

现在我尝试使用与上面相同的语法阅读它：

t=Tree("(((((637,5250),607),14782)6942,641)6441)0;", format=8)

我收到了这个错误：

Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/usr/lib/python2.7/site-packages/ete2-2.1rev539-py2.7.egg/ete2/coretype/tree.py", line 200, in __init__
    read_newick(newick, root_node = self, format=format)
  File "/usr/lib/python2.7/site-packages/ete2-2.1rev539-py2.7.egg/ete2/parser/newick.py", line 218, in read_newick
    return _read_newick_from_string(nw, root_node, format)
  File "/usr/lib/python2.7/site-packages/ete2-2.1rev539-py2.7.egg/ete2/parser/newick.py", line 280, in _read_newick_from_string
    _read_node_data(closing_internal, current_parent, "internal", format)
  File "/usr/lib/python2.7/site-packages/ete2-2.1rev539-py2.7.egg/ete2/parser/newick.py", line 351, in _read_node_data
    raise NewickError, "Unexpected leaf node format:\n\t"+ subnw[0:50]
ete2.parser.newick.NewickError: Unexpected leaf node format:

这让我真的很疯狂，任何人都可以帮忙解决这个问题？

Answer 1

Tree（）函数中的format = 8。根据{{3}}，这意味着每个节点都需要有一个名称。

要使用格式8，您需要为节点指定名称，如下所示：

t=Tree("(((((637,5250)a,607)b,14782)6942,641)6441)0;", format=9)

或

t=Tree("(((((637,5250)0,607)0,14782)6942,641)6441)0;", format=9)

您还可以更改为格式9：

t=Tree("(((((637,5250),607),14782)6942,641)6441)0;", format=9)

这会将格式更改为9，这只需要叶子具有名称。您也可以删除格式，只使用第一个参数。

手动调整newick树和使用EYE

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